Spatial modeling of data with excessive zeros applied to reindeer pellet-group counts

We analyze a real data set pertaining to reindeer fecal pellet-group counts obtained from a survey conducted in a forest area in northern Sweden. In the data set, over 70% of counts are zeros, and there is high spatial correlation. We use conditionally autoregressive random effects for modeling of spatial correlation in a Poisson generalized linear mixed model (GLMM), quasi-Poisson hierarchical generalized linear model (HGLM), zero-inflated Poisson (ZIP), and hurdle models. The quasi-Poisson HGLM allows for both under- and overdispersion with excessive zeros, while the ZIP and hurdle models allow only for overdispersion. In analyzing the real data set, we see that the quasi-Poisson HGLMs can perform better than the other commonly used models, for example, ordinary Poisson HGLMs, spatial ZIP, and spatial hurdle models, and that the underdispersed Poisson HGLMs with spatial correlation fit the reindeer data best. We develop R codes for fitting these models using a unified algorithm for the HGLMs. Spatial count response with an extremely high proportion of zeros, and underdispersion can be successfully modeled using the quasi-Poisson HGLM with spatial random effects.

Implication du virus Epstein-Barr ainsi que de la protéine virale EBNA1 dans la modification de l’épissage alternatif et dans le développement du cancer de l’estomac

Le virus Epstein-Barr est un des virus dotés de propriétés oncogéniques. Ceci est inquiétant car le virus est présent sous forme d’infection latente dans 95% de la population adulte au niveau mondial. Bien que ce virus soit associé surtout aux lymphomes, d’autres types de cancer sont aussi connus par leur association à cette infection tels que le carcinome gastrique. En fait, 10% de tous les cas de carcinome gastrique sont associés à la présence du virus Epstein-Barr. Plusieurs protéines du virus ont été étudiées individuellement afin d’établir leurs propriétés oncogéniques. Parmi celles-ci, la protéine virale EBNA1 joue un rôle important au niveau de la carcinogénèse et son expression est détectée au niveau des tissus gastriques cancéreux associés à l’infection par le virus Epstein-Barr. Des études réalisées au cours de ces dernières années montrent la relation entre un patron aberrant de l’épissage alternatif des ARN messagers et différents types de cancer, comme le cancer du sein et de la prostate. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire visent à établir si le virus Epstein-Barr est capable de changer le patron d’épissage alternatif au niveau des tissus cancéreux de l’estomac. L’utilisation de données de séquençage à haut débit fait sur des tissus cancéreux et tissus sains d’estomac (infectés ou non par le virus Epstein-Barr) permettra d’estimer les changements au niveau du patron d’épissage alternatif en relation à l’état des tissus et de la présence du virus Epstein-Barr. Les résultats obtenus nous montrent que l’épissage alternatif de plus de 500 gènes est altéré lorsque le virus est présent. Parmi ces gènes plusieurs codent pour des facteurs d’épissage, des facteurs de transcription, et des suppresseurs de tumeurs qui pourraient être impliqués dans le processus de développement du cancer. Finalement, nos résultats montrent que le patron d’épissage alternatif d’une cellule est modifié lorsque celle-ci est infectée par le virus Epstein-Barr ou qu’elle exprime une de ses protéines virales EBNA1, et ces altérations touchent plusieurs gènes impliqués dans des processus biologiques et qui semblent favoriser le développement du cancer.

Safety Edge Crash Modification Factors, Tech Brief, 2016

This study evaluated the safety impact of the Safety Edge for construction projects in 2010 and 2011 in Iowa to assess the effectiveness of the treatment in reducing crashes.

La modification chimique en surface de la cellulose microcristalline et son application dans les composites de polyéthylène

Dans le contexte de la production d’éthanol cellulosique, la cellulose doit être hydrolysée par voie chimique ou enzymatique. Dans ce procédé d’hydrolyse, la partie cristalline de la cellulose est plus difficilement fragmentable, ce qui entraîne des coûts supplémentaires dues au temps de traitement plus élevé ou à la quantité supplémentaire de produits chimiques nécessaires. Dans l’optique de réduire les coûts de l’hydrolyse tout en recherchant une voie pour valoriser la cellulose cristalline, l’idée de fabriquer des composites polymères/cellulose est attrayante. L’objectif du présent travail a donc été de valider si la cellulose microcristalline tirée d’un processus d’hydrolyse acide pourrait mener à de nouveaux matériaux composites à valeur ajoutée. Un obstacle anticipé dans le projet a été la faible adhésion de la cellulose, hydrophile et polaire, aux polymères généralement beaucoup moins polaires. Le développement de composites performants et l’atteinte de teneurs élevés en cellulose microcristalline a donc inclus, sur le plan chimique, l’objectif de comparer divers traitements de surface de la cellulose qui permettrait de pallier aux défis anticipés. La méthodologie utilisée dans ce projet a consisté à développer et optimiser un protocole de modification chimique sur de la cellulose microcristalline commerciale à l’échelle laboratoire. Les celluloses modifiées ont été soumises à une caractérisation par analyse de l’angle de contact pour caractériser l’hydrophobicité des fibres, par spectrométrie photoélectronique X pour l’analyse de la composition chimique des fibres, par granulométrie laser pour mesurer la longueur des différentes fibres et microscopie optique pour l’observation de la longueur des fibres. Toutes les techniques ont été utilisées afin de comparer les propriétés des celluloses modifiées à celles de la cellulose de référence. La cellulose de référence et les celluloses modifiées chimiquement ont ensuite été mélangées à des concentrations de 0 à 50% avec du polyéthylène de basse densité à l’état fondu en utilisant un mélangeur interne de type Brabender®. Les composites ont été caractérisés par microscopie électronique à balayage pour analyser la morphologie de mélange sur les surfaces de rupture et l’homogénéité du mélange, par des analyses rhéologiques afin d’obtenir la viscosité en fonction du cisaillement et par des essais de traction afin de déterminer leur Module de Young, leur résistance à la traction et leur élongation à la rupture. Ces caractéristiques permettent de prévoir la performance des composites dans des applications structurales.

Développement d’une stratégie de modification du bois afin de limiter les variations dimensionnelles du produit lambris dans un contexte éco-responsable

Ce travail de thèse présente deux grands axes. Le premier axe, touche les traitements du bois dans le but principal de réduire les variations dimensionnelles et d’améliorer la résistance à l’attaque des champignons lignivores. Le second axe quant à lui, touche l’aspect environnemental du traitement acide citrique-glycérol. Ce dernier a pour but principal de démontrer que le prolongement de la durée de vie en service du produit lambris traité, compense les impacts environnementaux causés par ce traitement. Dans le premier axe, deux traitements ont été réalisés sur deux essences de pin (Pinus strobus L. et Pinus contorta D.). Un traitement à l’anhydride maléique et un autre traitement avec une solution d’acide citrique – glycérol brute (AC-G). Dans le premier cas, les effets de deux paramètres (la durée de séchage et la température d’estérification) sur les résultats des essais de stabilité dimensionnelle, de résistance à la dégradation fongique et de vieillissement accéléré ont été évalués. Trois niveaux de durée de séchage après imprégnation (12 h, 18 h et 24 h) et trois niveaux de température d’estérification (140 °C, 160 °C et 180 °C) ont été considérés. Dans le second cas, après identification du meilleur catalyseur (HCl) et du meilleur ratio acide citrique – glycérol (3/1) pendant les essais préliminaires, les performances de ce traitement sur la stabilité dimensionnelle, la résistance à la pourriture fongique, la dureté de surface et l’adhérence des couches de revêtement de peinture sur la surface du substrat bois ont été analysées. Les résultats obtenus ont été appuyés par une suite d’analyses qualitatives et quantitatives pour mieux comprendre et expliquer. Les analyses qualitatives sont : (i) la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) et (ii) la microscopie électronique à balayage (MEB) tandis que la quantitative, l’analyse par perte de masse a été faite par pesée. Dans le second axe, une analyse des impacts environnementaux du traitement AC-G a été effectuée par le biais du logiciel SimaPro v8. La base de données Ecoinvent v3 et la méthode d’analyse d’impact Impact 2002+ ont été utilisées dans cette partie du travail de thèse. Sur la base des résultats du second traitement (AC-G) et des travaux disponibles dans la littérature, nous avons estimé, une durée de vie en service des lambris traités. Les différents scénarios de la durée de vie du lambris traité mis sur pied par rapport à celle offerte aujourd’hui par l’industrie, nous permettent de modéliser les impacts environnementaux du traitement. A cette fin, l’analyse de cycle de vie (ACV) a été utilisée comme outil de conception. En conclusion, les paramètres, durée de séchage et température d’estérification influencent les résultats obtenus dans le cas du traitement du bois à l’anhydride maléique. La combinaison 24 h de séchage et 180 °C, température d’estérification, représente les paramètres qui offrent les meilleurs résultats de stabilité dimensionnelle, de résistance à la dégradation fongique et de vieillissement accéléré. Le traitement AC-G améliore la stabilité dimensionnelle, la résistance à la dégradation fongique et la dureté de surface des échantillons. Cependant, le traitement réduit l’adhérence des couches de peinture. Les impacts environnementaux produits par le traitement AC-G sont majoritairement liés à la consommation de la ressource énergie (électricité). Le traitement prolonge la durée de vie en service du lambris traité et il a été mis en évidence que le scénario de durée de vie qui permettrait que le lambris traité puisse se présenter comme un produit à faible impact environnemental par rapport au lambris non traité est celui d’une durée de vie de 55 ans.

Arte, prazer e bisturi: construção corporal através da body modification

In view of a field research carried out by a team connected to the universe of body modification, it is possible to discern some uses and meanings linked to these forms of body interventions. Body modification or body change is part of the circuit of piercings and tattoos, although they are socially less thinned and more extreme, like scarifications, subcutaneous implants, bifurcated tongues, surfaces and body suspensions. The aim of this paper is to cast an anthropological glance on these practices, joining at the same context all the subjects involved with these techniques, placing them inside the same relational focus and capturing their journeys and trajectories. The discussions are concentrated on the notion of body building and urban life style. Ideas as personal distinctness and prestige imitation are also present in this universe, as well as matters attached to genre, pleasure, art, and to the so-called alternative circuit . This way, the ethnography so far presented here, reveals the complex and contemporaneous character of these practices of body markings in which the body appears as the central element in the experiences of the subjects of this study

Modification of aftertaste with a menthol mouthwash reduces food wanting, liking, and ad libitum intake of potato crisps

This research investigated the effect of modifying the aftertaste of potato crisps on (1) temporal sensory perception and (2) appetite using three mouthwash conditions (no mouthwash, a water mouthwash, and a menthol mouthwash). For the sensory study, 17 screened female subjects were trained on the Temporal Dominance of Sensations (TDS) methodology. Subjects undertook TDS to monitor all sensory attributes during the mastication of a 2 g crisp until swallowing (at 20s), then conducted the mouthwash, and then continued the TDS task to monitor aftertaste until 90s. For the appetite study, 36 subjects (18 male, 18 female) completed 100 mm Visual Analogue Scales (VAS) for desire, liking, hunger, and thirst, followed by an ad libitum eating task. For the VAS scales testing, subjects chewed and swallowed a 2 g crisp, and then immediately conducted the mouthwash before completing the VAS scales. For the ad libitum task, subjects were given 12 min to consume as many crisps as they desired on a plate (up to 50 g). Every three minutes they were required to conduct a mouthwash. TDS results showed that in comparison with no mouthwash, the water mouthwash significantly reduced aftertaste attributes such as savoury, salty, and fatty mouthcoating, and the menthol mouthwash significantly increased aftertaste attributes of cooling, minty, and tingly. The water mouthwash did not influence desire and liking of crisps, or hunger and thirst. The water mouthwash did not influence ad libitum intake of the crisps over a 12 min period. The menthol mouthwash significantly reduced desire and liking of the crisps, as well as hunger and thirst. Furthermore, the menthol mouthwash significantly reduced ad libitum crisp intake by 29% over the 12 min period.

Étude de la réception des stratégies de vulgarisation scientifique et de persuasion dans un objectif de sensibilisation et de modification comportementale : le cas de la présentation sur la pollution lumineuse à l'ASTROLab

Dans le cadre du présent travail, nous examinons les présentations de sensibilisation effectuées à l’ASTROLab, par l’entremise d’une enquête terrain. Nous étudions ces présentations sous divers angles qui s’entrecroisent : les stratégies de communication existantes (tant de vulgarisation que de persuasion ou de communication environnementale), les processus de l’impact persuasif et de la modification comportementale et les caractéristiques du comportement modifiable. Les questions auxquelles nous tentons de répondre avec cette étude concernent les stratégies de vulgarisation scientifique utilisées à l’ASTROLab contribuant efficacement à la modification comportementale ainsi que la corrélation entre la promotion de l’information et l’action. L’observation des groupes ainsi que deux sondages, en deux temps, ont permis de ressortir des résultats qualitatifs et quantitatifs. Nous avons constaté que la principale stratégie de vulgarisation scientifique efficace pour la modification comportementale est celle qui repose sur les caractéristiques du comportement modifiable. L’exemplification semble aussi avoir porté fruit, mais de façon moins évidente. Le visuel et la clarté des termes ainsi que la crédibilité et l’humour ont participé à la compréhension et à la persuasion, tout comme la stratégie de l’appel à l’émotion, qui a aussi contribué à l’attention. Bien sûr, la persuasion, et par ricochet la rétention de l’information, est en grande partie responsable de la modification comportementale. La rétention a été consolidée grâce au visuel, à l’exemplarité et au récit, ainsi qu’un peu grâce à l’appel à l’émotion et à la comparaison. L’humour y a également joué un rôle, en aidant à conserver l’attention. Nos résultats démontrent que seulement 32 % des participantes et participants en sont à l’étape de l’action et qu’environ 90 % des gens étudiés affirment avoir transmis l’information acquise. Ce constat porte à croire que l’étape de la promotion de l’information n’est pas nécessairement précédée d’actions tangibles, mais minimalement d’intention d’action. À partir de l’étude menée, nous formulons cinq recommandations à l’intention des vulgarisateurs afin de pallier les facteurs limitants. Un des principaux facteurs limitants à l’action a été l’impuissance des participantes et participants. Nous constatons aussi que, dans le processus de l’impact persuasif, l’étape de la rétention est celle qui a le plus posé problème. Nos recherches théoriques n’étaient pas précisément tournées vers les stratégies de rétention de l’information, à part pour les méthodes comme le visuel, l’expérience ou l’humour. Il serait pertinent de refaire une étude qui permettrait d’approfondir les assises théoriques reliées à la mémorisation d’information, afin de diriger autrement la méthodologie ou l’analyse des résultats, et d’en arriver à des recommandations utiles à ce sujet.

Diamond Surface Modification to Enhance Interfacial Thermal Conductivity in Al/Diamond Composites

Diamond/metal composites are very attractive materials for electronics because their excellent thermal properties make them suitable for use as heat sink elements in multifunctional electronic packaging systems. To enlarge the potential applications of these composites, current efforts are mainly focused on investigating different ways to improve the contact between metal and diamond. In the present work, a theoretical study has been carried out to determine the differences between the interfacial thermal conductance of aluminum/diamond and aluminum/graphite interfaces. Additionally, diamond particles were surface modified with oxygen to observe how it affects the quality of the diamond surface. The characterization of the surface of diamonds has been performed using different surface analysis techniques, especially x-ray photoelectron spectroscopy and temperature-programmed desorption.

Arte, prazer e bisturi: construção corporal através da body modification

In view of a field research carried out by a team connected to the universe of body modification, it is possible to discern some uses and meanings linked to these forms of body interventions. Body modification or body change is part of the circuit of piercings and tattoos, although they are socially less thinned and more extreme, like scarifications, subcutaneous implants, bifurcated tongues, surfaces and body suspensions. The aim of this paper is to cast an anthropological glance on these practices, joining at the same context all the subjects involved with these techniques, placing them inside the same relational focus and capturing their journeys and trajectories. The discussions are concentrated on the notion of body building and urban life style. Ideas as personal distinctness and prestige imitation are also present in this universe, as well as matters attached to genre, pleasure, art, and to the so-called alternative circuit . This way, the ethnography so far presented here, reveals the complex and contemporaneous character of these practices of body markings in which the body appears as the central element in the experiences of the subjects of this study

Mineral stress response of Vitis cell wall transcriptome: identification, characterization and expression of genes from key families involved in wall biosynthesis and modification

Doutoramento em Engenharia Agronómica - Instituto Superior de Agronomia - UL