利用修饰的随机引物构建非洲爪蟾酵母双杂交定向cDNA文库

描述了一种新的构建cDNA文库的方法,其中用来合成cDNA第一链的随机引物5'-端被加上碱基d(AC),在cDNA双链合成后所添加的连接头的末端含有碱基d(GTCG).在cDNA舣链3'-端,连接头连接上后会形成一个完整的Sall酶切位点d(GTCGAC),而在5'-端几乎不会形成Sall位点.在Sall酶切后利用形成的3'-粘性末端与5'-EcoRI粘性末端一起将cDNA双链定向导入线性化的质粒载体,再通过转化细菌获得cDNA文库.利用此方法构建了一个不同发育时期非洲爪蟾胚胎酵母双杂交cDNA文库.检测了文库中空载体的比例,插入片段大小和不同基因的表达水平几个指标,都符合预期,但是同时发现定位于mRNA的3'-端的插入片段比例比较低.这种倾向性符合文献报道,应该是实验系统的倾向性,不影响进一步的酵母双杂交实验.这些数据证明成功地构建了定向非洲爪蟾酵母双杂交cDNA文库.

中国株丙型肝炎病毒(HCV)感染猕猴后5^NTR-C区基因组的cDNA序列分析

从2份受丙型肝炎病毒(HCV)感染的献血员血清(CX1、CX2)、第一代感染HCV猕猴血清(CX3)、第二代感染HCV猕猴血清(CX4)中提取RNA, 用自行设计的HCV 5^非编码区和核心区C5^NTR-C区引物进行逆转录PCR, 经扩增克隆并序列分析, 结果显示: CX1 cDNA全长779bp, CX2 cDNA 778bp, CX3 cDNA 776bp, CX4 cDNA 777bp。CX1株和CX4株均在5^NTR nt-216有一C的插入, CX3和CX4区nt385-387处的3个碱基缺失; CX1株与CX2、CX3、CX4比较同源性分别为98.07%、96.15%、95.25%; CX2与CX3、CX4的同源性分别为96.28%、95.76%; CX3与CX4的同源性为97.56%。

山溪鲵皮肤β-microseminoprotein样蛋白的分离纯化及其cDNA克隆

从山溪鲵(Batrachuperus pachunii)皮肤匀浆液中经过Sephadex G-50凝胶过滤、AKTA(R)Resource Q阴离子柱和反向高压液相C4柱分离纯化得到相对分子质量为12 000的蛋白.利用其N端氨基酸序列设计引物,从山溪鲵皮肤的cDNA中克隆并筛选到该蛋白的cDNA序列.该cDNA序列的开放阅读框为339 bp,编码113个氨基酸残基组成的蛋白.在BLAST数据库搜寻比对分析表明,该蛋白的氨基酸序列与来自人类及其他哺乳动物β-microseminoprotein蛋白具有约40%的序列同源性.这也是首次在两栖类动物皮肤中确认β-microseminoprotein.初级结构分析表明,该蛋白属于亲水性蛋白;多重序列比较显示,其氨基酸序列中的10个半胱氨酸位点及15个其他氨基酸位点与高等脊椎动物β-microseminoprotein中同种氨基酸有相同的位点.由此推测该蛋白属于β-microseminoprotein家族.

腐生型眼虫Astasia longa 两种TIM 同工酶cDNA的克隆和分析

　利用3′2 RACE 和5′2 RACE 技术, 从腐生型眼虫长变胞藻( Astasia longa) 克隆了磷酸丙糖异构酶 ( TIM) 的两个同工酶cDNA 全序列。分析表明: 它们分别编码定位于细胞质的胞质型TIM (cTIM) 和定位于质 体的质体型TIM (p TIM) ; 后者的N 端具有引导该酶定位到质体中去的典型“前导序列”。根据这些事实我们推 测腐生型眼虫A . longa 质体中可能存在功能性的TIM , 并进一步认为该质体可能不只是一般意义上的“叶绿体 退化的残迹”, 而仍是一种至少有TIM 参与其代谢活动的功能性细胞器[动物学报50 (3) : 414 - 419 , 2004 ] 。

树鼩细胞周期蛋白T1 cDNA的克隆和序列分析

树鼩细胞不能感染 HIV-1, 但支持 HIV-1进入靶细胞后的转录, 可能是因为树鼩细胞周期蛋白T1(tsCycT1)能结合HIV-1的 Tat 蛋白. 通过设计引物, 用 RT-PCR 技术, 获得全长为2175bpts CycT1 基因的cD NA. 其核苷酸序列与人的 CycT1(hCycT1) 基因的 cDNA 有92.6%的相似性; 由此推导出的氨基酸序列有94.1%相似性. 其中, hCycT1 和 tsCycT1 氨基端的1～272个氨基酸的相似性高达98.8%, 氨基酸第261位点为半胱氨酸. 这些结果提示, tsCycT1 会和 HIV-1 的 Tat 结合, 形成高亲和的、锌依赖的复合物, 支持 HIV-1转录。

盐胁迫下杜氏盐藻(Dunaliella salina)cDNA文库的构建与新表达序列标签(EST)的获取、分析

在成功养殖杜氏盐藻(Dunaliella salina)的基础上,采用Takara cDNA文库构建试剂盒,构建盐胁迫下(1.5 mol/L NaCl)杜氏盐藻的cDNA文库.经鉴定,原始文库的滴度达1.2×106cfu/mL,重组率高达95%,且多数插入片段均在500 bp以上.对表达序列标签(expressed sequence tag,EST)分析发现,杜氏盐藻基因组中包含大量未鉴定的新基因.随机挑取60个单克隆进行序列测定,将所测序列经Blast比对等生物信息学方法分析后,发现其中三分之一,即20

稀有鮈鲫脑芳香化酶cDNA片段的克隆与表达分析

芳香化酶(P450arom)是雌激素合成过程中的关键酶,在性别分化中起重要作用。鱼类存在卵巢性和脑型两种芳香化酶,分别由Cyp19a和Cyp19b编码。稀有鮈鲫作为我国特有的实验动物,尚无其芳香化酶的有关资料,其性别分化机制亦不清楚。本研究采用RT-PCR的方法以简并引物扩增了稀有鮈鲫脑型芳香化酶基因Cyp19b的部分序列,其长度为1070bp,编码357个氨基酸残基,具有典型的芳香化酶结构域。RT-PCR分析发现该基因主要在稀有鮈鲫的脑中表达,在性腺、肠、肾中也有表达;其在雌、雄脑中的表达差异不显著。在

鲫鱼低氧相关基因差减cDNA文库的构建与分析

鲫鱼对低氧具有极强的耐受性。在低氧状态下鲫鱼鳃瓣表面积增加,无氧代谢增强,能量消耗降低。但是人们对鲫鱼产生这些低氧反应的分子机理还缺乏了解。本研究以1%低氧处理24h的鲫鱼囊胚细胞(CAB)作为检测子(Tester),常氧条件下培养的CAB细胞作为驱赶子(Driver),分别提取总RNA,利用SMART cDNA技术合成双链cDNA,经差减杂交和抑制性PCR扩增获得差减PCR产物。然后将差减PCR产物连接到pGEM-T载体上,构建差减cDNA文库。以管家基因β-actin作为指标检测差减效率,发现该文库差

黄鳝cGnRH-Ⅱ的cDNA克隆与序列分析

促性腺激素释放激素(Gonadotropin-releasing hormone,GnRH)是一个保守的十肽神经家族激素,在脊椎动物的性腺发育和繁殖功能的维持方面起着重要的调控作用。本文通过运用RACE和RT-PCR方法,从黄鳝脑组织中克隆得到cGnRH-ⅡcDNA全序列,其核苷酸序列长度为617bp。该cDNA编码的cGnRH-Ⅱ的前体氨基酸序列结构组成与其他物种的cGnRH-Ⅱ前体结构一致,其推导的蛋白前体长度为83个氨基酸,包括一个信号肽、cGnRH-Ⅱ十肽和一个由蛋白水解位点(Gly-Lys-Ar

嗜水气单胞菌感染的中华鳖主要器官差减cDNA文库的构建

以致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染的中华鳖(Trionyx sinensis)肝、脾、肾组织为材料,应用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了嗜水气单胞菌感染组织的差减cDNA文库。以中华鳖管家基因-βactin作为差减指标检测该文库差减效率达210倍,表明感染细菌后某些差异表达基因得到了相应倍数的富集。将获得的cDNA片段连接到pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞。PCR阳性检测显示差减片段在150—800bp之间。该差减cDNA文库的构建为快速分离和鉴

金鱼Prox1基因cDNA的克隆及其在眼睛发育中的表达分析

脊椎动物的Prox1基因,与果蝇的转录因子prospero同源。为了探讨Prox1基因在金鱼眼睛发生过程中的表达图式,我们从金鱼眼睛SMART库中克隆了Prox1cDNA。它全长共2851bp,编码739个氨基酸。组织分布研究表明,Prox1主要分布于眼、脑、心、肝、脾和肾中。整体原位杂交显示,Prox1mRNA首先是在晶体期的晶体原基中有转录,心跳期则在未成熟晶体的细胞中和视网膜的幼芽区可以检测到。晶体纤维形成后,它主要定位于视纤维层和内网织细胞层。免疫组化显示,心跳期Prox1蛋白的定位与mRNA相同

鱼类谷胱甘肽转移酶基因cDNA克隆及其序列分析

采用RT-PCR方法,从鲢、鲤、鲫3种鱼类肝脏总RNA中克隆出了谷胱甘肽转移酶Pi型(GST Pi)cDNA序列,推导了其编码的氨基酸序列。3种鱼类GST Pi的ORF全长627bp,编码208个氨基酸。翻译起始密码均为ATG,终止密码子均为TGA。鱼类与哺乳动物、两栖类爪蟾以及节肢动物丝虫之间GST Pi氨基酸序列相似度平均值分别为50%、33%、15%左右。5种鱼类之间的氨基酸序列相似度较大,其中鲤科鱼类之间平均为85%左右。我们以GST Pi为分子标记,用最大简约数法(MP)构建了13个物种的系统进

银鲫Ran基因的cDNA克隆、表达特征及其在精核解凝中的作用

采用RACE-PCR技术结合SMART cDNA合成技术,从银鲫中克隆到Ran的全长cDNA并对其编码区全长进行了原核表达、相应抗体制备及其时空表达特征分析。RT-PCR结果表明,Ran基因除在脑组织的转录水平较低外,其它组织中的转录水平几乎相同;Ran基因在不同发育阶段的胚胎中都有mRNA转录,但其mRNA的量在原肠期以后呈下降趋势。Western blot结果表明,Ran在卵巢和精巢中均高水平表达,在心、脑、肝、脾、肾中有较低水平表达,在肌肉中则不表达。同时检测到Ran在不同胚胎发育阶段均有较强表达。

双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞差减cDNA文库的构建

以紫外线灭活的dsRNA病毒草鱼出血病病毒(GCHV)诱导和模拟诱导的牙鲆胚胎细胞为材料,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,成功构建了双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞(FEC)差减cDNA文库。以管家基因αtub lin作为差减指标,经检测,该文库差减效率达210倍,表明经病毒诱导后某些差异表达基因也得到了相应倍数的富集。将获得的cDNA片段连接到pGEM T载体,PCR检测显示差减片段在250bp~2 000bp之间。该差减cDNA文库的构建为从分子水平研究牙鲆培养细胞对dsRNA病毒的免疫反应、以及进