Perfil de virulência e resistência aos antimicrobianos em Staphylococcus haemolyticus, S. warneri, S. lugdunensis e S. hominis

Estudar o perfil patogênico e de resistência aos antimicrobianos em amostras de Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus warneri, Staphylococcus lugdunensis e Staphylococcus hominis. Foram estudadas 65 amostras isoladas de pacientes do Hospital das Clínicas da FMB, Botucatu, sendo 23 S. haemolyticus, 23 S. hominis, 10 S. warneri e 9 S. lugdunensis. Foram pesquisados por PCR os genes responsáveis pela produção de biofilme (icaA, icaC, icaD), genes de enterotoxinas (sea, seb, sec, sed), Toxina 1 da Síndrome do Choque Tóxico (tst) e resistência à oxacilina (mecA). Das 65 amostras estudadas, 83% apresentaram ao menos um dos genes das toxinas pesquisadas, 87,7% um dos genes ica e 63,1% o gene mecA. O SCCmec foi tipado por PCR-Multiplex, sendo o tipo I o mais prevalente (34,1%). A heterorresistência à vancomicina foi pesquisada através da triagem em ágar BHI com 4 μg ml-1, encontrada em 36,9% das amostras, e com 6 μg ml-1 de vancomicina, encontrada em 15,4%. Todas as espécies estudadas foram altamente toxigênicas. A presença do SCCmec I apresentou relação com a heterorresistência à vancomicina. Ainda, S. hominis e S. haemolyticus se revelaram mais virulentos e resistentes, levando em conta os fatores de virulência, resistência à oxacilina e heterorresistência à vancomicina. A evidência e a necessidade de maior preocupação com as espécies S. hominis e S. haemolyticus ficou clara, o que ainda não havia sido relatado, bem como a relação entre a presença de SCCmec I e heterorresistência à vancomicina

Desenvolvimento e validação de método analítico para a quantificação de teicoplanina injetável por turbidimetria

A teicoplanina é um complexo antibiótico glicopeptídico derivado do Actinoplanes teichomyceticus, ativo contra bactérias Gram-positivas resistentes a outros antibióticos. Seu espectro de ação é similar ao da vancomicina, sendo, porém mais ativo para Streptococcus faecalis e Clostridium difficile. Seu uso é indicado para profilaxia de endocardite, peritonite, osteomielite e para septicemia estafilocócica. No Brasil, a teicoplanina é comercializada sob a forma farmacêutica de pó liofilizado, que deve ser reconstituído antes da administração. O medicamento de referência é o Targocid®, produzido pelo laboratório Sanofi-Aventis, em duas apresentações, 66 mg/mL e 133 mg/mL. A teicoplanina, bem como a vancomicina, inibe a síntese da parede celular bacteriana, pois a molécula se liga ao precursor da parede D-alanil-D-alanina, formando um complexo, impedindo a ligação à porção terminal do peptidoglicano, que é o alvo das enzimas transglicolase e transpeptidase. Desse modo, não há incorporação de aminoácidos aos glicopeptídeos integrantes da parede celular das bactérias Gram-positivas. No estudo de validação, foram aplicados os parâmetros de linearidade, intervalo, precisão, sensibilidade, especificidade, exatidão e robustez. O método desenvolvido e validado para a quantificação de teicoplanina pó liofilizado foi: Ensaio microbiológico por turbidimetria na faixa de concentração de 20,0 a 80,0 μg/mL, utilizando o micro-organismo Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 IAL 2150. Os parâmetros estudados para a validação do método turbidimétrico atenderam a todas as especificações para a adequada quantificação de teicoplanina na forma farmacêutica pó liofilizado

Atividade antibacteriana in vitro de extratos e substâncias isoladas de espécies de Croton frente Staphylococcus aureus causador de mastite bovina

Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

Evidência da presença do sistema AGR, expressão de toxinas e resistência aos antimicrobianos em estafilococos coagulase-negativa isolados de hemoculturas

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Biofilme estafilocócico: prevenção, detecção da produção e determinação do perfil de resistência a antimicrobianos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Antibioticoterapia para o tratamento de periotonite em diálise peritoneal: redicão sostemática de estudo clínicos controlados e série de casos

Pós-graduação em Fisiopatologia em Clínica Médica - FMB

Multirresistência microbiana e opções terapêuticas disponíveis

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise estrutural de halogenases encontradas em clusters gênicos da biossíntese de antibióticos glicopeptídicos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo prospectivo comparativo de sistema especialista de prescrição médica na redução de erro e sobrecarga de trabalho médico

Erros médicos preveníveis(EMP) em hospitais excedem às mortes causadas por acidentes automobilísticos, câncer de mama e AIDS. O Institute of Medicine estima até 98.000 mortes causadas por EMP. O risco é aumentado quando os EMPs ocorrem em pacientes criticamente enfermos ou com medicações que variam com o peso do paciente. A demora da primeira prescrição é uma preocupação em UTI. Fadiga e sobrecarga podem comprometer a segurança numa UTI pediátrica. Objetivos: Comparar a funcionalidade de um Sistema Especialista(SE) experimental com a prescrição médica convencional Materiais/Métodos: Após termo de consentimento, pediatras de um hospital universitário são convidados a fazer a prescrição de 10 itens medicamentosos completos(soro de manutenção, adenosina, adrenalina, atropina, difenilhidantoína, vancomicina , ceftadizima, anfotericina_B, dobutamina, fentanil) para uma criança hipotética. Comparou-se a prescrição convencional com a prescrição feita no SE, após um treinamento prévio de 2 minutos. Uma equipe(médicos, enfermeiras e farmacêuticas) avaliaram os EMPs. Comparações feitas pelo X2, teste exato de fisher, teste t-student pareado ou Wilconson, quando aplicáveis. Significância considerada: p<0.05. Resultados:13 médicos residentes e 7 assistentes participaram do estudo com tempo médio de formação de 10,1+/-9 anos . Constatados 57 casos de EMP (9 ilegibilidades, 23 omissões, 6 erros de dose, 14 erros de diluição e 5 erros de velocidade de infusão) pela prescrição convencional comparado com 1 duplicação de medicação na prescrição por SE(p<0,001). O tempo médio de prescrição dos 10 medicamentos utilizando a abordagem ONE TOUCH do SE foi de 22,4 +/- 5,6 segundos_[13-36 segundos] e estava significantemente abaixo do tempo de prescrição convencional (média:557 +/- 164 segundos; p=0,00088). O tempo médio de prescrição com SE foi 27 vezes(IC95% 21,5- 32,5)) mais rápido que a convencional com economia de 89,1 minutos em uma UTI de 10 leitos. Conclusão:Embora não infalível, o uso de SE requer pouco tempo de treinamento e resulta em significante diminuição de erros e sobrecarga de trabalho.

Dealogenazione riduttiva dei policlorobifenili (PCB) in sedimenti anaerobici marini della laguna di Venezia: arricchimento e identificazione dei microrganismi dealogenanti

I policlorobifenili (PCB) sono inquinanti tossici e fortemente recalcitranti che contaminano suoli e sedimenti di acqua dolce e marini. Le tecnologie attualmente impiegate per la loro rimozione (dragaggio e trattamento chimoco-fisico o conferimento in discarica) sono molto costose, poco efficaci o ad alto impatto ambientale. L’individuazione di strategie alternative, di natura biologica, consentirebbe lo sviluppo di un processo alternativo più sostenibile. Nel processo di declorurazione riduttiva i congeneri di PCB a più alto grado di clorurazione, che sono i più tossici, recalcitranti e maggiormente tendenti al bioaccumulo, vengono utilizzati da alcuni microrganismi anaerobici come accettori finali di elettroni nella catena respiratoria e bioconvertiti in congeneri a minor grado di clorurazione, meno pericolosi, che possono essere mineralizzati da parte di batteri aerobi. La declorurazione riduttiva dei PCB è stata spesso studiata in colture anaerobiche di arricchimento in terreno minerale ottenute a partire da sedimenti di acqua dolce; questi studi hanno permesso di dimostrare che batteri del phylum dei Chloroflexi e appartenenti al genere Dehalococcoides o filogeneticamente facenti parte del gruppo dei Dehalococcoides-like sono i decloruranti. Sono tuttavia scarse le informazioni riguardanti l'occorrenza della declorurazione dei PCB in ambienti marini, nei quali l'alta salinità e concentrazione di solfati influenzano diversamente l'evoluzione delle popolazioni microbiche. In sedimenti contaminati della laguna di Venezia è stata osservata declorurazione sia dei PCB preesistenti che di congeneri esogeni; questi studi hanno permesso l'ottenimento di colture di arricchimento fortemente attive nei confronti di 5 congeneri di PCB coplanari. In questa tesi, a partire dalle colture capaci di declorurare i PCB coplanari, sono stati allestiti nuovi passaggi di arricchimento su Aroclor®1254, una miscela di PCB più complessa e che meglio rappresenta la contaminazione ambientale. Le colture sono state allestite come microcosmi anaerobici in fase slurry, preparati risospendendo il sedimento nell'acqua superficiale, ricreando in tal modo in laboratorio le stesse condizioni biogeochimiche presenti in situ; gli slurry sterili sono stati inoculati per avviare le colture. Per favorire la crescita dei microrganismi decloruranti e stimolare così la decloruraazione dei PCB sono stati aggiunti inibitori selettivi di metanogeni (Bromoetansulfonato o BES) e solfato-riduttori (molibdato), sono state fornite fonti di carbonio ed energia (eD), quali acidi grassi a corta catena e idrogeno, utilizzate di batteri decloruranti noti, e per semplificare la comunità microbica sono stati aggiunti antibiotici cui batteri decloruranti del genere Dehalococcoides sono resistenti. Con questo approccio sono stati allestiti passaggi di arricchimento successivi e le popolazioni microbiche delle colture sono state caratterizzate con analisi molecolari di fingerprinting (DGGE). Fin dal primo passaggio di arricchimento nei microcosmi non ammendati ha avuto luogo un'estesa declorurazione dell'Aroclor®1254; nei successivi passaggi si è notato un incremento della velocità del processo e la scomparsa della fase di latenza, mentre la stessa stereoselettività è stata mantenuta a riprova dell’arricchimento degli stessi microrganismi decloruranti. Le velocità di declorurazione ottenute sono molto alte se confrontate con quelle osservate in colture anaerobiche addizionate della stessa miscela descritte in letteratura. L'aggiunta di BES o molibdato ha bloccato la declorurazione dei PCB ma in presenza di BES è stata riscontrata attività dealogenante nei confronti di questa molecola. La supplementazione di fonti di energia e di carbonio ha stimolato la metanogenesi e i processi fermentativi ma non ha avuto effetti sulla declorurazione. Ampicillina e vancomicina hanno incrementato la velocità di declorurazione quando aggiunte singolarmente, insieme o in combinazione con eD. E' stato però anche dimostrato che la declorurazione dei PCB è indipendente sia dalla metanogenesi che dalla solfato-riduzione. Queste attività respiratorie hanno avuto velocità ed estensioni diverse in presenza della medesima attività declorurante; in particolare la metanogenesi è stata rilevata solo in dipendenza dall’aggiunta di eD alle colture e la solfato-riduzione è stata inibita dall’ampicillina in microcosmi nei quali un’estesa declorurazione dei PCB è stata osservata. La caratterizzazione delle popolazioni microbiche, condotte mediante analisi molecolari di fingerprinting (DGGE) hanno permesso di descrivere le popolazioni batteriche delle diverse colture come complesse comunità microbiche e di rilevare in tutte le colture decloruranti la presenza di una banda che l’analisi filogenetica ha ascritto al batterio m-1, un noto batterio declorurante in grado di dealogenare un congenere di PCB in colture di arricchimento ottenute da sedimenti marini appartenente al gruppo dei Dehalococcoides-like. Per verificare se la crescita di questo microrganismo sia legata alla presenza dei PCB, l'ultimo passaggio di arricchimento ha previsto l’allestimento di microcosmi addizionati di Aroclor®1254 e altri analoghi privi di PCB. Il batterio m-1 è stato rilevato in tutti i microcosmi addizionati di PCB ma non è mai stato rilevato in quelli in cui i PCB non erano presenti; la presenza di nessun altro batterio né alcun archebatterio è subordinata all’aggiunta dei PCB. E in questo modo stato dimostrato che la presenza di m-1 è dipendente dai PCB e si ritiene quindi che m-1 sia il declorurante in grado di crescere utilizzando i PCB come accettori di elettroni nella catena respiratoria anche in condizioni biogeochimiche tipiche degli habitat marini. In tutte le colture dell'ultimo passaggio di arricchimento è stata anche condotta una reazione di PCR mirata alla rilevazione di geni per dealogenasi riduttive, l’enzima chiave coinvolto nei processi di dealogenazione. E’ stato ottenuto un amplicone di lughezza analoga a quelle di tutte le dealogenasi note in tutte le colture decloruranti ma un tale amplificato non è mai stato ottenuto da colture non addizionate di PCB. La dealogenasi ha lo stesso comportamento di m-1, essendo stata trovata come questo sempre e solo in presenza di PCB e di declorurazione riduttiva. La sequenza di questa dealogenasi è diversa da tutte quelle note sia in termini di sequenza nucleotidica che aminoacidica, pur presentando due ORF con le stesse caratteristiche e domini presenti nelle dealogenasi note. Poiché la presenza della dealogenasi rilevata nelle colture dipende esclusivamente dall’aggiunta di PCB e dall’osservazione della declorurazione riduttiva e considerato che gran parte delle differenze genetiche è concentrata nella parte di sequenza che si pensa determini la specificità di substrato, si ritiene che la dealogenasi identificata sia specifica per i PCB. La ricerca è stata condotta in microcosmi che hanno ricreato fedelmente le condizioni biogeochimiche presenti in situ e ha quindi permesso di rendere conto del reale potenziale declorurante della microflora indigena dei sedimenti della laguna di Venezia. Le analisi molecolari condotte hanno permesso di identificare per la prima volta un batterio responsabile della declorurazione dei PCB in sedimenti marini (il batterio m-1) e una nuova dealogenasi specifica per PCB. L'identificazione del microrganismo declorurante permette di aprire la strada allo sviluppo di tecnologie di bioremediation mirata e il gene della dealogenasi potrà essere utilizzato come marker molecolare per determinare il reale potenziale di declorurazione di miscele complesse di PCB in sedimenti marini.

Banho de clorexidina para prevenção de colonização e infecção por micro-organismos multirresistentes na unidade de transplante de células tronco e hematopoiéticas

Introdução: Infecções relacionadas à assistência de saúde (IRAS) representam hoje um dos principais desafios da qualidade do cuidado do paciente, principalmente em pacientes submetido a transplante de células tronco e hematopoiéticas (TCTH) O banho diário com a clorexidina (CHG) degermante a 2% tem sido proposto principalmente em unidades de terapia intensivas (UTIs) para diminuir a colonização bacteriana do paciente e assim diminuir IRAS. O objetivo deste estudo foi avaliar o impacto do banho com CHG degermante a 2% em unidade de internação de TCTH na incidência de infecção e colonização por patógenos multirresistentes e ainda avaliar seu impacto na sensibilidade das bactérias ao antisséptico. Métodos: Foi realizado um estudo quasi-experimental, com duração de 9 anos, com início em janeiro/2005 até dezembro/2013. A intervenção foi iniciada em agosto de 2009, sendo que os períodos pré e pós-intervenção tiveram duração de 4,5 anos. As taxas de IRAS, infecção por gram-negativos multirresistentes e infecção e colonização por enterococo resistente a vancomicina (VRE) foram avaliadas através de série temporal, para estudar o impacto da intervenção. As concentrações inibitórias mínimas (CIM) das bactérias para a CHG com e sem o inibidor de bomba de efluxo (CCCP) foram avaliadas nos dois períodos. Os genes de resistência a CHG foram estudados por meio da PCR e a clonalidade dos isolados por eletroforese em campo pulsátil. Resultados: Foi observada redução significativa na incidência de infecção e colonização de VRE na unidade no período pós-intervenção (p: 0,001). Essa taxa permaneceu estável em outras UTIs clínicas do hospital. Contudo as taxas de infecção por Gram negativos multirresistentes aumentou nos últimos anos na unidade. Não ocorreu diminuição na taxa de IRAS na unidade. As CIMs testadas de CHG aumentaram nas amostras de VRE e K. pneumoniae após o período de exposição ao antisséptico, com queda importante da CIM após o uso do CCCP, revelando ser a bomba de efluxo, um importante mecanismo de resistência à CHG. As amostras de A. baumannii e P. aeruginosa não apresentaram aumento da CIM após período de exposição à clorexidina. As bombas de efluxo Ade A, B e C estiveram presentes na maioria dos A. baumannii do grupo controle (66%). A bomba cepA foi encontrada em 67% de todas as K. pneumoniae testadas e em 44,5% das P. aeruginosas do grupo pré intervenção. Observamos uma relação positiva entre a presença da CepA nas amostras de K. pneumoniae e a resposta ao CCCP: de todas as 49 amostras CepA positivas 67,3% obtiveram redução do seu MIC em 4 diluições após adição do CCCP. A avaliação de clonalidade demonstrou padrão policlonal das amostras de VRE, K. pneumoniae e A. baumannii avaliadas. Em relação às amostras de P. aeruginosa foi observado que no período pós-intervenção ocorreu predominância de um clone com > 80% semelhança em 10 das 22 amostras avaliadas pelo dendrograma. Conclusões: O banho de clorexidina teve impacto na redução da incidência de infecção e colonização por VRE na unidade de TCTH, e não teve o mesmo impacto nas bactérias gram-negativas. Os mecanismos moleculares de resistência à clorexidina estão intimamente ligados à presença de bomba de efluxo, sendo provavelmente o principal mecanismo de resistência e tolerância das bactérias ao antisséptico

Tratamento da infeção por Clostridium difficile

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014

Isolation and characterization of microorganisms with probiotic potential

Tese de mestrado em Microbiologia Aplicada, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2016

Impacto na epidemiologia da sepse tardia após a mudança do protocolo de antimicrobianos em uma UTIN de um serviço universitário

Advances in neonatology resulted in reducing the mortality rate and the consequent increase in survival of newborn pre terms (PTN). On the other hand, there was also a considerable increase in the risk of developing health care-related infection (HAI) in its most invasive, especially for bloodstream. This situation is worrying, and prevent the occurrence of it is a challenge and becomes one of the priorities in the Neonatal Intensive Care Unit (NICU). Sepsis is the main cause of death in critical neonates and affects more than one million newborns each year, representing 40% of all deaths in neonates. The incidence of late sepsis can reach 50% in NICUs. Currently the major responsible for the occurrence of sepsis in developed countries is the coagulase negative Staphylococcus (CoNS), followed by S. aureus. The cases of HAIs caused by resistant isolates for major classes of antimicrobial agents have been increasingly frequent in the NICU. Therefore, vancomycin has to be prescribed more frequently, and, today, the first option in the treatment of bloodstream infections by resistant Staphylococcus. The objectives of this study were to assess the impact on late sepsis in epidemiology III NICU after the change of the use of antimicrobials protocol; check the frequency of multiresistant microorganisms; assess the number of neonates who came to death. This study was conducted in NICU Level III HC-UFU. three study groups were formed based on the use of the proposed late sepsis treatment protocol, with 216 belonging to the period A, 207 B and 209 to the C. The work was divided into three stages: Period A: data collected from neonates admitted to the unit between September 2010 to August 2011. was using treatment of late sepsis: with oxacillin and gentamicin, oxacillin and amikacin, oxacillin and cefotaxime. Period B: data were collected from March 2012 to February 2013. Data collection was started six months after protocol change. Due to the higher prevalence of CoNS, the initial protocol was changed to vancomycin and cefotaxime. Period C: data were collected from newborns inteerne in the unit from September 2013 to August 2014. Data collection was started six months after the protocol change, which occurred in March 2013. From the 632 neonates included in this study, 511 (80,8%) came from the gynecology and obstetrics department of the HC-UFU. The mean gestational age was 33 weeks and the prevailing sex was male (55,7%). Seventy-nine percent of the studied neonates were hospitalized at the NICU HC-UFU III because of complications related to the respiratory system. Suspicion of sepsis took to hospitalization in the unit of 1,9% of newborns. In general, the infection rate was 34,5%, and the most frequent infectious sepsis syndrome 81,2%. There was a tendency to reduce the number of neonates who died between periods A 11 and C (p = 0,053). From the 176 cases of late sepsis, 73 were clinical sepsis and 103 had laboratory confirmation, with greater representation of Gram positive bacteria, which corresponded to 67.2% of the isolates and CoNS the most frequent micro-organism (91,5%). There was a statistically significant difference in the reduction of isolation of Gram positive microorganisms between periods A and C (p = 0,0365) as well as in reducing multidrug-resistant CoNS (A and B period p = 0,0462 and A and C period, p = 0,158). This study concluded that: the CoNS was the main microorganism responsible for the occurrence of late sepsis in neonates in the NICU of HC-UFU; the main risk factors for the occurrence of late sepsis were: birth weight <1500 g, use of PICC and CUV, need for mechanical ventilation and parenteral nutrition, SNAPPE> 24 and length of stay more than seven days; the new empirical treatment protocol late sepsis, based on the use of vancomycin associated cefepime, it was effective, since promoted a reduction in insulation CoNS blood cultures between the pre and post implementation of the Protocol (A and C, respectively); just as there was a reduction in the number of newborns who evolved to death between periods A and C.

Antimicrobial effect of polymeric biomaterials for bone infection treatment

Dissertação de mestrado em Bioquímica, apresentada à Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa, 2016.