Qualification des données acquises par la station de mesure MOLIT en baie de Vilaine entre février et octobre 2014

La station de mesure Molit entre dans la gamme des produits MAREL. Cette gamme est constituée d’outils développés pour l’observation en continu de paramètres hydrologiques. La bouée Molit a été déployée en baie de Vilaine du 26 février 2014 au 17 octobre 2014. Cette station est équipée d’une sonde multiparamètre MP6 qui mesure les paramètres : température, salinité, oxygène dissous, turbidité et fluorescence. Les mesures sont réalisées à 2 niveaux (surface et fond) avec une fréquence d’une mesure horaire. Les données acquises par la bouée MOLIT sont transmises par liaison GSM numérique et peuvent être consultées sur le site web : http://www.ifremer.fr/co-en/. Un outil de contrôle qualité SCOOP2 permet de valider les données. Elles peuvent être qualifiées selon plusieurs états : bon, moyen, douteux, mauvais, modifié, interpolé ou absent. Ce document synthétise les informations permettant de qualifier les données : contrôles in-situ de la sonde multiparamètre réalisés par le laboratoire LER/MPL, historique des opérations de maintenance pendant la période de déploiement, constats de vérification des sondes multiparamètres après campagne.

Atténuation des changements climatiques en Chine : analyse des cibles et des stratégies de réduction des émissions de GES

La Chine est l’acteur le plus important dans la lutte internationale aux changements climatiques. Depuis 2007, ce pays est le plus grand émetteur de dioxyde de carbone avec près du quart des émissions mondiales et la croissance de sa consommation d’énergie depuis les années 2000 met en grand danger l’ensemble de la planète. L’objectif de cet essai est d’analyser la capacité de la Chine à réduire ses émissions de gaz à effet de serre et de participer à sa juste part à l’effort international d’atténuation des changements climatiques. Pour ce faire, la croissance économique chinoise des dernières décennies et ses impacts environnementaux sont présentés. On remarque que le modèle de croissance qui a permis à la Chine de se hisser au sommet de l’économie mondiale a montré ses limites et que le gouvernement a développé une nouvelle stratégie économique qui se veut plus durable. Ensuite, les cibles et engagements climatiques de la Chine sont analysés selon quatre critères (capacité, adéquation, responsabilité et effort). Les résultats de cette analyse montrent que la capacité du pays à réduire ses émissions est grande, mais que ses cibles ne sont ni suffisantes pour maintenir la hausse de la température à 2 °C, ni assez contraignantes et larges. Puis, l’impact de la nouvelle stratégie économique sur différents indicateurs est évalué. Cette évaluation montre que les facteurs qui ont largement contribué à la hausse des émissions de gaz à effet de serre en Chine – à savoir une croissance économique effrénée, une forte dépendance au charbon et une économie dominée par le secteur industriel – subissent d’importants changements. En effet, ces mutations majeures dans l’économie chinoise laissent croire que la Chine atteindra ses cibles d’intensité énergétique, d’énergie renouvelable et de plafonnement des émissions de dioxyde de carbone plus rapidement que prévu. Il est recommandé de bonifier les engagements climatiques de la Chine en imposant une cible absolue sur les émissions de dioxyde de carbone et en élargissant la portée de ces engagements pour inclure d’autres gaz à effet de serre. Aussi, certaines recommandations sont faites pour assurer le bon fonctionnement d’un éventuel système de plafonnement et d’échange en Chine. Le travail se conclut sur l’effort à venir dans la lutte internationale aux changements climatiques et sur la nécessité d’étudier la réduction des émissions de gaz à effet de serre en Chine après leur plafonnement, prévu d’ici 2025.

Caractérisation et délimitation des sous-espèces de Gesneria viridiflora (Gesneriaceae) dans les Antilles

Une taxonomie révisée et une connaissance des limites d’espèces demeurent toujours importantes dans les points chauds en biodiversité comme les Antilles où de nombreuses espèces endémiques sont retrouvées. Des limites d’espèces divergentes impliquent un différent nombre d’espèces retrouvées dans un écosystème, ce qui peut exercer une influence sur les décisions prises face aux enjeux de conservation. Les genres Gesneria et Rhytidophyllum qui forment les principaux représentants de la famille des Gesneriaceae dans les Antilles comprennent plusieurs taxons aux limites d’espèces ambigües et quelques espèces qui ont des sous-espèces reconnues. C’est le cas de Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze qui comprend quatre sous-espèces géographiquement isolées et qui présentent des caractères végétatifs et reproducteurs similaires et variables. Une délimitation d’espèces approfondie de ce complexe d’espèce est effectuée ici à partir d’une approche de taxonomie intégrative considérant des données morphologiques, génétiques et bioclimatiques. Les données morphologiques quantitatives et qualitatives obtenues à partir de spécimens d’herbier sont utilisées pour délimiter des groupes morphologiques à l’aide d’une analyse en coordonnées principales. Ces groupes sont ensuite testés à l’aide de séquences d’ADN de quatre régions nucléaires en utilisant une méthode bayesienne basée sur la théorie de la coalescence. Finalement, les occurrences et les valeurs de variables de température et de précipitation qui y prévalent sont utilisées dans une analyse en composantes principales bioclimatique pour comparer les groupes délimités morphologiquement et génétiquement. Les résultats de l’analyse morphologique multivariée supportent la distinction entre les groupes formés par les sous-espèces actuellement reconnues de G. viridiflora. Les résultats, incluant des données génétiques, suggèrent une distinction jusqu’ici insoupçonnée des populations du Massif de la Hotte au sud-ouest d’Haïti qui sont génétiquement plus rapprochées des populations de Cuba que de celles d’Hispaniola. Bioclimatiquement, les groupes délimités par les analyses morphologiques et génétiques sont distincts. L’approche de taxonomie intégrative a permis de distinguer cinq espèces distinctes plutôt que les quatre sous-espèces acceptées jusqu’à aujourd’hui. Ces espèces sont : G. acrochordonanthe, G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola et G. viridiflora. Une carte de distribution géographique, un tableau de la nouvelle taxonomie applicable et une clé d’identification des espèces sont présentés. La nouvelle taxonomie déterminée dans cette étude démontre un endémisme insoupçonné dans plusieurs régions du point chaud en biodiversité des Antilles et souligne l’importance d’investiguer les limites d’espèces dans les groupes diversifiés comprenant des taxons aux limites d’espèces incomprises.

Effect of ambient levels of ozone on photosynthetic components and radical scavenging system in leaves of African cowpea varieties

Tropospheric ozone (O3), a main component of photochemical oxidants, adversely affects not only human health but also vegetation. To clarify the long-term effects of ambient levels of tropospheric ozone (O3) on photosynthetic components and radical scavenging system in the leaves of cowpea ( Vigna unguiculata L.), two African varieties, Blackeye and Asontem, were grown in open-top chambers and exposed to filtered air (FA), non-filtered air (NF) or non-filtered air with additional O3 of approximately 50 nl l-1. Ambient levels of O3 significantly reduced chlorophyll concentration, quantum yield and activity of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco), thus contributing to the reduction in net photosynthetic rate at the reproductive growth stage of both varieties; with no significant variety difference in the sensitivity to O3. The O3-induced significant reduction in catalase activity was observed in Blackeye at vegetative and reproductive growth stages; and in Asontem at reproductive growth stage. On the other hand, exposure to O3 significantly increased ascorbate peroxidase activity in Blackeye at reproductive stage and did not significantly affect that in Blackeye at vegetative growth stage and that in Asontem at both growth stages. At reproductive growth stage, activities of monodehydroascorbate reductase and glutathione reductase were significantly increased by the exposure to O3 in both varieties. The results obtained in this study suggest that, although ascorbate peroxidase, monodehydroascorbate reductase and glutathione reductase played important roles in scavenging O3-induced reactive oxygen species in the leaves, radical scavenging ability of these enzymes is not sufficient to avoid detrimental effects of ambient levels of O3 on photosynthesis in both African cowpea varieties.

Qualité du milieu marin littoral

1-Inroduction générale (Extraits). L'IFREMER exerce de longue date des tâches de surveillance et de contrôle de la qualité du milieu marin et de ses ressources. Certaines de ces tâches le sont de façon très organisée et systématique, couvrant "en réseau" l'ensemble du littoral français. Le présent ouvrage dresse le bilan des résultats obtenus par trois de ces réseaux, en vue d'évaluer la qualité actuelle des eaux littorales, mission à laquelle ils sont dédiés : le Réseau National d'Observation de la Qualité du Milieu Marin (RNO), le réseau de surveillance du phytoplancton (REPHY) et le réseau de surveillance microbiologique (REMI ). Le RNO a été mis en place en 1974 par le Ministère de l'Environnement avec pour premier objectif l'évaluation des niveaux et des tendances des polluants et des paramètres généraux de la qualité du milieu marin. Mais cette activité ne peut se concevoir sans une surveillance des effets biologiques de la qualité du milieu. Ce deuxième objectif de surveillance vise à évaluer l'état de santé de la flore et de la faune marines par la mesure de la réponse de ces organismes à des perturbations de la qualité du milieu. Il a été introduit en 1987 dans les programmes du RNO. Toutefois, les résultats n'en sont encore que préliminaires et ne sont pas présentés ici. La création du REPHY a fait suite aux intoxications par les coquillages observées en 1983. Ce réseau fait le suivi des populations phytoplanctoniques, de leurs perturbations et de l'apparition d'espèces toxiques pour l'homme ou pour les animaux marins. Dès 1984, la majeure partie du littoral faisait l'objet de cette surveillance. Quant au REMI , il évalue les niveaux et les tendances de la contamination microbiologique du milieu et plus spécialement des zones de production conchylicole. Il résulte de la réorganisation opérée en 1989 des activités de contrôle de la salubrité des coquillages menées par l'IFREMER. Cette réorganisation a eu pour objectif de permettre une appréciation plus globale de la qualité microbiologique du milieu, tout en fournissant les éléments contribuant à la protection du consommateur. Les résultats de surveillance du mi lieu portent au total sur une vingtaine de paramètres qui définissent plusieurs types de qualité environnementale : qualité générale des masses d'eaux par la température, la salinité, les sels nutritifs (nitrate, phosphate ... ), la chlorophylle ; contamination du milieu par des métaux (mercure, cadmium, plomb ... ) et des composés organiques toxiques (PCB, pesticides ... ), mesurés dans certains organismes sentinelles (moule, huître ... ) ; fréquence d'apparition dans les masses d'eaux d'espèces phytoplanctoniques toxiques représentées ici par Dinophysis et Alexandrium, et risques de toxicité effective des coquillages ; contamination du milieu par les bactéries d'origine terrestre, représentées ici par les coliformes fécaux mesurés dans les moules et les huîtres. …

Réseau national d’observation de la moule bleue Mytilus edulis, MYTILOBS / Campagne 2015

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon et des Roulières (pertuis Breton), d’Yves et de Boyard (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2014, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (25,54 +/- 0,7mm), captées sur corde dans la baie d’Yves. Les prélèvements trimestriels de la campagne 2015 (septembre 2014 - décembre 2015) sont renforcés par un suivi mensuel entre octobre et juillet. Les mesures de biométrie et les comptages de mortalité sont effectués à chaque sortie. Les points Roulières et Boyard renforcent l’expertise du « phénomène mortalité » apparu en 2014. Des prélèvements histologiques (n=1300) et en cryologie (n=1200) ont renforcé un travail de collaboration établi avec le projet Morbleu. La campagne Mytilobs 2015 est marquée par la forte croissance en longueur des moules durant l’automne 2014. Par contre, la croissance des moules sur Filière est exceptionnellement faible au cours des printemps et automne 2015 avec respectivement -60% et -53% (références réseau REMOULA 2000-2010). Ces faibles performances sur Filière peuvent être reliées aux deux pics de mortalité des printemps et automne 2015 sur ce site. L’évolution du poids sec au travers l’indice scientifique de Walne et Mann révèle une ponte importante sur le site Filière en juin 2015, mais également sur Pont Mahé et le Vivier. Les indices de qualité requis pour la commercialisation des moules sont atteints en juin (STG) dans les principales régions de France suivi par Mytilobs et en juillet sur le Vivier (Label Rouge baie du Mont Saint Michel). Le suivi environnemental indique que les apports des fleuves n’ont pas le caractère exceptionnel de l’hiver 2014, mais la salinité confirme la typologie des sites : euryhalins (Baie de Vilaine, pertuis charentais) et océaniques (Agon et Vivier). En fin d’hiver, la température enregistre un retard de 3 semaines pour atteindre 10°C, température référence au-dessous de laquelle les mortalités (2014 et 2015) ne sont pas apparues. Comme au cours de la campagne Mytilobs 2014, deux familles d’algues phytoplanctoniques : les Diatomophyceae et les Dinophyceae représentent près de 99% de l’effectif dénombré. Parmi les 5 saisons étudiées, les automnes 2014 et 2015 sont les périodes de l’année où les concentrations algales disponibles sont environ 10 fois plus faibles que durant les autres périodes. Un référentiel sur les mortalités de la moule bleue a été établi à partir des données de mortalité du réseau REMOULA (2000-2010). Entre 0% et 22%, les mortalités sont classées comme « habituelles » ; entre 22% et 34% elles deviennent « inhabituelles » ; supérieures à 34%, elles sont dites « exceptionnelles ». Seules les mortalités de moules sur les sites Filière (51%) et Roulières (38%) du pertuis Breton sont classées comme « exceptionnelles » en 2015. En 2014 les mortalités de la plupart des sites mytilicoles des pertuis charentais étaient « exceptionnelles ». Les mortalités sont « inhabituelles » sur les sites de Boyard (23%) et d’Aiguillon (22%) et « habituelles » sur Agon (corrigé de la prédation par les perceurs) (20%), Pont Mahé (18%), Yves (14%), Le Vivier (9%). En 2015, des analyses histologiques ont été réalisées entre février et juillet pour : l’étude de maturation sexuelle, la recherche de parasites et l’identification de granulomes inflammatoires sur des sites contrastés en mortalités (Filière, Roulières, Yves, Pont Mahé et Vivier). Outre l’absence de Marteilia refringens, la présence de Mytilicola intestinalis est confirmée sur tous les sites notamment Yves (50%) et Le Vivier (70%). L’étude des stades de maturation des moules sur les différents sites du réseau montre que la maturation sexuelle a bien lieu entre mars et juin 2015. En 2015 les mortalités les plus fortes apparaissent sur Filière et Roulières en avril et en mai alors que les moules sont en gamétogénèse active, avant la période de ponte principale. Une observation centrée sur la période février-juillet a mis en évidence la présence de granulomes inflammatoires. Dans le cas des pertuis charentais (Filière et Roulières) cette présence concorde avec le phénomène de mortalités « exceptionnelles » de moules pour lequel des bactéries pathogènes du groupe Splendidus semblent bien impliquées.

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers.

Qualification zoo-sanitaire du naissain de captage 2013 de l'huître creuse Crassostrea gigas (QUALIF) - Détection précoce des maladies en épreuve thermique de laboratoire

Depuis 2008, des mortalités massives d’huîtres creuses âgées de moins d’un an sont relevées sur le littoral français dès que la température de l’eau de mer atteint le seuil de 16°C. Ces mortalités de naissains sont associées à la détection du virus OsHV-1 μVar. Des travaux de qualification zoo-sanitaire menés depuis 2010 ont montré qu’un lot de naissains issus du captage naturel sur deux était infecté par le virus bien avant l’apparition des mortalités dans le milieu naturel, mais qu’a contrario les naissains d’écloserie expertisés présentaient une fréquence plus faible de portage latent. Dans ce contexte de crise zoo-sanitaire chronique, l’objectif de notre étude consistait à obtenir une information du statut zoo-sanitaire OsHV-1 μVar des populations de naissains du captage 2013 à l’échelle national. Ce travail avait pour finalité de permettre l’identification précoce des zones de captage associées à un risque de mortalité due à l’infection par OsHV-1 μVar. La méthodologie de l’épreuve thermique de laboratoire (ETL) correspond en une période de 1 mois d’isolement des naissains à évaluer en conditions contrôlées de laboratoire. Lors de cette période la température de l’eau de mer est maintenue constante à 21°C et la mortalité est relevée tous les 10 jours. La survie finale associée à des analyses qPCR permettent de qualifier le statut sanitaire en terme de portage OsHV-1 μVar de l’échantillon (statut infecté ou non infecté). Entre février et mars 2014, vingt et un échantillons de naissains âgés de 5 à 7 mois ont été échantillonnés dans six sites du littoral français (étang de Thau, bassin d’Arcachon, pertuis Charentais, baie de Bourgneuf, baie de Vilaine et rade de Brest) pour être qualifiés par ETL au site expérimental Ifremer d’Argenton. Les résultats de la campagne 2014 de qualification zoo-sanitaire confirment qu’en période hivernale, dans le milieu naturel, des naissains de captage peuvent être infectés par OsHV-1 μVar sans développement apparent de maladies ni mortalité. En revanche en ETL, ces lots de naissains infectés par OsHV-1 μVar présentent des taux de mortalité importants. Ainsi, sur les 20 échantillons de naissains de captage étudiés, onze ont révélé des maladies en ETL avec des mortalités cumulées variant de 16 % à 80 %. Ce ratio d’un échantillon sur deux de naissains infectés par OsHV-1 μVar demeure proche de celui observé de 2010 à 2013 lors des travaux précédents qui avaient permis de définir l’ETL. les six sites étudiés ont montré des résultats contrastés. En effet, les résultats se sont révélés favorables pour l’étang de Thau et la baie de Bourgneuf et défavorables dans le cas de la rade de Brest et la Baie de Vilaine. Pour ces deux derniers sites, tous les échantillons de naissains testés ont montré de fortes mortalités pendant l’ETL. Des différences s’observent également intra-site, notamment à Marennes Oléron avec 1 échantillon sur 3 infectés par OsHV-1 μVar ou dans pour Arcachon avec 3 échantillons sur 5. Dans le contexte préoccupant de l’épizootie actuelle, nos résultats confirment que certains lots de naissains de captage sont infectés par OsHV-1 μVar dès les mois de février-mars et pourrait être des acteurs actifs dans le déclenchement annuel du processus infectieux en milieu naturel quand la température de l’eau dépasse 16°C. Par ailleurs, notre étude démontre qu’il serait possible chaque année d’obtenir une qualification sanitaire précoce des zones de captage. Cela permettrait d’améliorer la gestion des risques liés aux transferts de naissains infectés par OsHV-1 μVar dans les différents bassins de production.

Qualification zoo-sanitaire du naissain de captage 2014 de l'huître creuse Crassostrea gigas (QUALIF) - Détection précoce des maladies en épreuve thermique de laboratoire

Depuis 2008, des mortalités massives d’huîtres creuses âgées de moins d’un an sont relevées sur le littoral français dès que la température de l’eau de mer atteint le seuil de 16°C. Ces mortalités de naissains sont associées à la détection du virus OsHV-1 μVar. Depuis 2010, des travaux de qualification zoo-sanitaire ont montré qu’environ un lot de naissains de captage sur deux était infecté par le virus avant l’apparition des mortalités dans le milieu naturel. En 2014, dans le cadre de la première action QUALIF, les résultats de la qualification zoo-sanitaire des naissains du captage de l’année 2013 à l’échelle nationale ont mis en évidence le caractère infectieux des maladies développées par ces naissains porteurs latents d’OsHV-1 μVar. L’objectif 2015 du second volet QUALIF consistait à reproduire le travail de qualification zoo-sanitaire OsHV-1 μVar pour les naissains du captage de l’année 2014. Les résultats (2014 et 2015) permettront d’aborder la variation interannuelle du statut zoo-sanitaire des naissains pour chacun des sites étudiés. La méthodologie de l’épreuve de qualification zoo-sanitaire consiste en une période de 1 mois d’isolement des naissains en conditions contrôlées de laboratoire. Lors de cette épreuve, la température de l’eau de mer est maintenue constante à 21°C et la mortalité est relevée tous les 10 jours. La survie finale et les analyses qPCR permettent de qualifier le statut sanitaire en terme de portage OsHV-1 μVar de l’échantillon (infecté ou non infecté). De début janvier à fin mars 2015, 39 échantillons de naissains âgés de 5 à 7 mois ont été prélevés dans 6 sites du littoral français (étang de Thau, bassin d’Arcachon, bassin de Marennes Oléron, baie de Bourgneuf, embouchure de La Vilaine et rade de Brest) pour être testés en épreuve thermique de laboratoire (ETL) dans l’outil expérimental Ifremer à Argenton. Les résultats montrent que 25 des 39 (soit 64 %) lots de naissains de captage testés ont développé des maladies en ETL associés à des mortalités cumulées variant de 6 à 72 %. Cette valeur de 64 % de lots détectés est plus élevée que celle précédemment observée en 2014 (55 %). Les résultats de cette seconde campagne de qualification zoo-sanitaire sont favorables pour les naissains de l’étang de Thau (absence de mortalité), moins favorables pour ceux d’Arcachon, Marennes Oléron, et ceux de la baie de Bourgneuf (réponses contrastées en terme de mortalité intra-site) et très défavorables pour les naissains de La Vilaine et de la rade de Brest (mortalités observées sur tous les échantillons testés). La principale conclusion de cette seconde étude de qualification zoo-sanitaire est identique à celle de 2014, à savoir qu’il est existe dans le milieu naturel en période hivernale des lots de naissains de captage infectés par OsHV-1 μVar sans développement apparent des maladies. Ces lots de naissains porteurs latents d’OsHV-1 μVar sont détectables en ETL et la présence d’OsHV-1 μVar peut alors être confirmée par qPCR. Dans le contexte actuel d’épizooties chroniques, nos résultats confirment à nouveau qu’il est possible d’identifier précocement les lots de naissains infectés ou non par OsHV-1 μVar. Ces animaux infectés sont un réservoir du virus en période hivernale. Dès que la température de l’eau de mer franchit le seuil de 16°C, ils participeront à la réémergence des maladies en milieu naturel. Par ailleurs, cette seconde étude de qualification zoo-sanitaire confirme la possibilité d’apprécier le risque sanitaire pour chaque zone de captage en fonction de la détection précoce des lots de naissains infectés par OsHV-1 μVar.

Qualification des données acquises par la station de mesure MOLIT en baie de Vilaine entre mars et octobre 2015

Ce rapport présente les éléments qui ont conduit à la qualification des données acquises en 2015 par la station de mesure haute fréquence MOLIT (Mer Ouverte Littoral). La bouée MOLIT est déployée depuis 2008 en baie de Vilaine, une des zones de la côte atlantique les plus menacées par l’eutrophisation. Cette bouée instrumentée constitue un des systèmes de mesure du réseau de mesure haute fréquence Ifremer HOSEA (High frequency Observation network for the environment in coastal SEAs). Cette station est équipée d’une sonde multiparamètre qui mesure les paramètres température, salinité, oxygène dissous, turbidité et fluorescence. Les mesures sont effectuées à deux niveaux (surface et fond) avec une fréquence d’une mesure horaire. Ce rapport synthétise les informations qui ont permis de qualifier les données sur le site des réseaux eulériens d’Ifremer (Coriolis) : contrôles in-situ, historique des opérations de maintenance, constats de vérification des sondes avant et après campagne. Les données ont été qualifiées en quatre états : 1-BON, 2-MOYEN, 3-DOUTEUX, 4-MAUVAIS.

Exploitation du potentiel sismique des étoiles naines blanches

Le but de cette thèse est d’explorer le potentiel sismique des étoiles naines blanches pulsantes, et en particulier celles à atmosphères riches en hydrogène, les étoiles ZZ Ceti. La technique d’astérosismologie exploite l’information contenue dans les modes normaux de vibration qui peuvent être excités lors de phases particulières de l’évolution d’une étoile. Ces modes modulent le flux émergent de l’étoile pulsante et se manifestent principalement en termes de variations lumineuses multi-périodiques. L’astérosismologie consiste donc à examiner la luminosité d’étoiles pulsantes en fonction du temps, afin d’en extraire les périodes, les amplitudes apparentes, ainsi que les phases relatives des modes de pulsation détectés, en utilisant des méthodes standards de traitement de signal, telles que des techniques de Fourier. L’étape suivante consiste à comparer les périodes de pulsation observées avec des périodes générées par un modèle stellaire en cherchant l’accord optimal avec un modèle physique reconstituant le plus fidèlement possible l’étoile pulsante. Afin d’assurer une recherche optimale dans l’espace des paramètres, il est nécessaire d’avoir de bons modèles physiques, un algorithme d’optimisation de comparaison de périodes efficace, et une puissance de calcul considérable. Les périodes des modes de pulsation de modèles stellaires de naines blanches peuvent être généralement calculées de manière précise et fiable sur la base de la théorie linéaire des pulsations stellaires dans sa version adiabatique. Afin de définir dans son ensemble un modèle statique de naine blanche propre à l’analyse astérosismologique, il est nécessaire de spécifier la gravité de surface, la température effective, ainsi que différents paramètres décrivant la disposition en couche de l’enveloppe. En utilisant parallèlement les informations obtenues de manière indépendante (température effective et gravité de surface) par la méthode spectroscopique, il devient possible de vérifier la validité de la solution obtenue et de restreindre de manière remarquable l’espace des paramètres. L’exercice astérosismologique, s’il est réussi, mène donc à la détermination précise des paramètres de la structure globale de l’étoile pulsante et fournit de l’information unique sur sa structure interne et l’état de sa phase évolutive. On présente dans cette thèse l’analyse complète réussie, de l’extraction des fréquences à la solution sismique, de quatre étoiles naines blanches pulsantes. Il a été possible de déterminer les paramètres structuraux de ces étoiles et de les comparer remarquablement à toutes les contraintes indépendantes disponibles dans la littérature, mais aussi d’inférer sur la dynamique interne et de reconstruire le profil de rotation interne. Dans un premier temps, on analyse le duo d’étoiles ZZ Ceti, GD 165 et Ross 548, afin de comprendre les différences entre leurs propriétés de pulsation, malgré le fait qu’elles soient des étoiles similaires en tout point, spectroscopiquement parlant. L’analyse sismique révèle des structures internes différentes, et dévoile la sensibilité de certains modes de pulsation à la composition interne du noyau de l’étoile. Afin de palier à cette sensibilité, nouvellement découverte, et de rivaliser avec les données de qualité exceptionnelle que nous fournissent les missions spatiales Kepler et Kepler2, on développe une nouvelle paramétrisation des profils chimiques dans le coeur, et on valide la robustesse de notre technique et de nos modèles par de nombreux tests. Avec en main la nouvelle paramétrisation du noyau, on décroche enfin le ”Saint Graal” de l’astérosismologie, en étant capable de reproduire pour la première fois les périodes observées à la précision des observations, dans le cas de l’étude sismique des étoiles KIC 08626021 et de GD 1212.

Estudo funcional e fenotípico das células NK em esclerose sistémica

Introdução: A esclerose sistémica (ES) é uma doença reumática rara, onde se verifica uma reacção auto-imune, afectando o tecido conjuntivo. De etiologia desconhecida, esta patologia, dividide-se em dois subtipos: limitada e difusa, tendo como processos característicos e inter-relacionados: a lesão vascular, a reacção autoimune e a fibrose. As células NK modulam as doenças auto-imunes através das suas capacidades citotóxicas e de produção de citocinas. Deste modo procedeu-se ao estudo imunofenotípico e funcional de duas sub-populações de células Natural Killer (NK) (NK CD56dim e NK CD56bright). Métodos: Recorrendo à citometria de fluxo, caracterizamos fenotipicamente as células NK, com base na expressão de CD49e, CD29 e LAIR-1; funcionalmente, com base nas citocinas TNF-α e IFN-γ e citotoxicamente, com base na granzima B e na perforina. Resultados: Os nossos resultados sugerem uma diminuição da percentagem e valor absoluto de células NK totais e suas subpopulações, NK CD56dim e NK CD56bright, em doentes com ES, sobretudo na presença de úlceras digitais (UD) e fibrose pulmonar (FP). Observamos ainda uma diminuição da expressão de CD49e e um aumento da expressão de LAIR-1, nas células NK, em doentes com ES, principalmente nos que não apresentavam UD e FP. Num modo geral observou-se um aumento da frequência de células NK a expressar granzima B e perforina e um aumento da expressão destas duas proteínas. Conclusão: Concluímos que as células NK poderão ter um papel importante na fisiopatologia da ES, pelas alterações fenotípicas e funcionais, podendo, futuramente vir a ser utilizados na monitorização da severidade desta doença.

Changements climatiques et écologiques dans le nord de l’Alaska au cours de la glaciation du Wisconsinien : le Yedoma de la rivière Itkillik

Le climat continental et froid de la Béringie lors de la glaciation du Wisconsinien a conduit à la formation d’une forme relique de pergélisol syngénétique nommé yedoma. Ces dépôts ont permis la préservation d’indicateurs environnementaux très diversifiés qui peuvent être employés pour reconstituer la dynamique climatique et écologique de la Béringie avant le dernier maximum glaciaire. À ce jour, peu d’études ont été réalisées au nord de la chaîne de montagnes Brooks (Alaska) et l’hétérogénéité écologique régionale de la Béringie Est lors de la glaciation du Wisonsinien reste mal définie. Ce mémoire porte sur une reconstitution paléoenvironnementale de plus de 39 ka du nord de l’Alaska réalisée à partir de sédiments provenant du Yedoma de la rivière Itkillik. Les objectifs sont (1) de reconstituer l’histoire de la végétation avec l’analyse pollinique; (2) de reconstituer les températures de juillet, le contraste de température saisonnier et l’ensoleillement de juillet avec la technique des analogues modernes et (3) de mettre les données biogéochimiques et glaciologiques du site en lien avec le climat reconstitué. L’étude montre que vers 35 ka BP (Interstade du Wisconsinien Moyen), des conditions climatiques semblables à l’actuel ont favorisé l’accumulation de tourbe riche en carbone organique. À partir de 29,7 ka BP, les températures de juillet reconstituées diminuent, alors que la continentalité du climat semble augmenter. Le contenu en glace des sédiments est plus alors plus faible et la pluie pollinique devient dominée par Poaceae, Artemisia et autres herbacés non graminoïdes. Ces indicateurs suggèrent des conditions environnementales plus xériques qu’aujourd’hui. Les anomalies isotopiques de 18O, 2H et l’excès de deutérium confirment un épisode d’avancée glaciaire (Wisconsinien Tardif). Après 17,9 ka BP (Tardiglaciaire), les températures de juillet et le contraste saisonnier augmentent. Les valeurs de contenu en carbone organique des sédiments sont plus élevées et la plus grande disponibilité en eau favorise l’établissement d’un couvert herbacé moderne dominé par les Cyperaceae.

Excitonic behaviour in polymeric semiconductors : the effect of morphology and composition in heterostructures

La compréhension des interrelations entre la microstructure et les processus électroniques dans les polymères semi-conducteurs est d’une importance primordiale pour leur utilisation dans des hétérostructures volumiques. Dans cette thèse de doctorat, deux systémes diffèrents sont étudiés ; chacun de ces systèmes représente une approche diffèrente pour optimiser les matériaux en termes de leur microstructure et de leur capacité à se mettre en ordre au niveau moléculaire. Dans le premier système, j’ai effectué une analyse complète des principes de fonctionnement d’une cellule photovoltaïque hybride à base des nanocristaux d’oxyde de zinc (ZnO) et du poly (3-hexylthiophène) (P3HT) par absorption photoinduite en régime quasi-stationnaire (PIA) et la spectroscopie PIA en pompage modulé dépendant de la fréquence. L’interface entre le donneur (le polymère P3HT) et l’accepteur (les nanoparticules de ZnO), où la génération de charges se produit, joue un rôle important dans la performance des cellules photovoltaïques hybrides. Pour améliorer le mécanisme de génération de charges du P3H: ZnO, il est indispensable de modifier l’interface entre ses constituants. Nous avons démontré que la modification d’interface moléculaire avec cis-bis (4, 40 - dicarboxy-2, 20bipyridine) ruthénium (II) (N3-dye) et a-Sexithiophen-2 yl-phosphonique (6TP) a améliorée le photocourant et la performance dans les cellules P3HT: ZnO. Le 6TP et le N3 s’attachent à l’interface du ZnO, en augmentant ainsi l’aire effective de la surface donneur :accepteur, ce qui contribue à une séparation de charge accrue. De plus, le 6TP et le N3 réduisent la densité de pièges dans le ZnO, ce qui réduit le taux de recombinaison des paires de charges. Dans la deuxième partie, jai introduit une matrice hôte polymérique de polystyréne à masse molaire ulra-élevée, qui se comporte comme un solide pour piéger et protéger une solution de poly [2-méthoxy, 5- (2´-éthyl-hexoxy) -1,4-phénylènevinylène- PPV] (MEHPPV) pour utilisation dans des dispositifs optoèlectroniques quantiques. Des travaux antérieurs ont montré que MEH-PPV en solution subit une transition de conformation, d’une conformation enroulé à haute température (phase bleue) à une conformation de chaîne étendue à basse température (phase rouge). La conformation de la chaîne étendue de la solution MEH-PPV favorise les caractéristiques nécessaires à l’amélioration des dispositifs optoélectroniques quantiques, mais la solution ne peut pas être incorporées dans le dispositif. J’ai démontré que la caractéristique de la phase rouge du MEH-PPV en solution se maintient dans une matrice hôte polymérique de polystyrène transformé de masse molaire très élevée, qui se comporte comme un solide (gel de MEH-PPV/UHMW PS), par le biais de la spectroscopie de photoluminescence (PL) dépendant de la température (de 290K à 80 K). La phase rouge du gel MEH-PPV/UHMW PS se manifeste par des largeurs de raie étroites et une intensité augmentée de la transition 0-0 de la progression vibronique dans le spectre de PL ainsi qu’un petit décalage de Stokes entre la PL et le spectre d’absorption à basse température. Ces approches démontrent que la manipulation de la microstructure et des propriétés électroniques des polymères semi-conducteurs ont un impact direct sur la performance de dispositifs pour leurs développements technologiques continus.

Development of nanostructured hydrogel for spatial and temporal controlled release of active compounds

L’utilisation de nanovecteurs pour la livraison contrôlée de principes actifs est un concept commun de nous jours. Les systèmes de livraison actuels présentent encore cependant des limites au niveau du taux de relargage des principes actifs ainsi que de la stabilité des transporteurs. Les systèmes composés à la fois de nanovecteurs (liposomes, microgels et nanogels) et d’hydrogels peuvent cependant permettre de résoudre ces problèmes. Dans cette étude, nous avons développé un système de livraison contrôlé se basant sur l’incorporation d’un nanovecteur dans une matrice hydrogel dans le but de combler les lacunes des systèmes se basant sur un vecteur uniquement. Une telle combinaison pourrait permettre un contrôle accru du relargage par stabilisation réciproque. Plus spécifiquement, nous avons développé un hydrogel structuré intégrant des liposomes, microgels et nanogels séparément chargés en principes actifs modèles potentiellement relargués de manière contrôlé. Ce contrôle a été obtenu par la modification de différents paramètres tels que la température ainsi que la composition et la concentration en nanovecteurs. Nous avons comparé la capacité de chargement et la cinétique de relargage de la sulforhodamine B et de la rhodamine 6G en utilisant des liposomes de DOPC et DPPC à différents ratios, des nanogels de chitosan/acide hyaluronique et des microgels de N-isopropylacrylamide (NIPAM) à différents ratios d’acide méthacrylique, incorporés dans un hydrogel modèle d’acrylamide. Les liposomes présentaient des capacités de chargement modérés avec un relargage prolongé sur plus de dix jours alors que les nanogels présentaient des capacités de chargement plus élevées mais une cinétique de relargage plus rapide avec un épuisement de la cargaison en deux jours. Comparativement, les microgels relarguaient complétement leur contenu en un jour. Malgré une cinétique de relargage plus rapide, les microgels ont démontré la possibilité de contrôler finement le chargement en principe actif. Ce contrôle peut être atteint par la modification des propriétés structurelles ou en changeant le milieu d’incubation, comme l’a montré la corrélation avec les isothermes de Langmuir. Chaque système développé a démontré un potentiel contrôle du taux de relargage, ce qui en fait des candidats pour des investigations futures.