395 resultados para Sequenciamento do exoma


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The ants of genus Atta belong to the Attine tribe (order Hymenoptera, family Formicidae, subfamily Myrmicinae) and are commonly known as leaf-cutting ants for having the habit of cutting several vegetable species used as substrate for growing mutualistic fungus (Agaricales: Lepiotaceae). Recent studies showed that, in addition to that, other fungi may occur in the nests in a dorment state or participate in the functioning dynamic of this symbiosis. Researches related to surveys of fungus biodiversity in nests of different Atta species have found important phytopathogenic representatives. In Brazil, studies about integrated management of plagues, developed by Embrapa Meio Ambiente (Embrapa Environment), point out the need of higher investments in projects that involve the phytopathogenic transmission by insects in order to reduce costs to control them or minimize environmental impact. The purpose of this study was to broaden the knowledge about the ecology of these fungi, isolating and identifying species associated with Attine tribe ants, thus understanding the scope of pathogenic and phytopathogenic species spread by these ants. For that reason, gynes were collected from Atta laevigata and Atta capiguara anthills located at Unesp Botucatu (São Paulo, Brazil) campus. In order to isolate the fungus, the mineral oil floating technique was used. The identification of the isolated fungi was done based on microscopic and molecular characteristics using DNA ribosomal sequencing. The most highly abundant genera found so far were: Cladosporium, Exophiala, Penicillium, Acremonium, Phialophora and Teratosphaeria. Representatives of the genera Exophiala, Phialophora and Cladosporium may be human pathogens, whereas Teratosphaeria and Penicillium are related to diseases in Eucalyptus and citric fruits, respectively. The results show that these ants may host important fungal species besides the ones already... (Complete abstract click electronic access below)

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A frequência de micoses invasivas causadas por fungos oportunistas, incluindo leveduriformes, vem aumentando significativamente nas últimas décadas e atinge principalmente indivíduos imunocomprometidos. A tribo Attini possui cerca de 230 espécies de formigas e todas possuem o hábito de cultivar e se alimentar de fungos. Algumas espécies cultivam o fungo mutualista em nódulos poligonais sólidos com 0,25 a 0,50mm de diâmetro, aproximadamente. No interior desses nódulos, encontram-se células na forma de leveduras, que quando semeadas em meio de cultura se desenvolvem como fungo filamentoso. Este tipo de fungicultura está restrito a algumas espécies do gênero Cyphomyrmex. Neste trabalho, isolamos 30 leveduras dos nódulos de oito ninhos de Cyphomyrmex transversus da região de Ilhéus (BA), e analisamos a susceptibilidade aos seguintes antifúngicos: Anfotericina B (AMB), Fluconazol (FCZ), Voriconazol (VCZ) e Itraconazol (ITZ). A caracterização das estirpes foi feita através de métodos morfológicos e moleculares, incluindo-se o sequenciamento dos domínios D1/D2 do rDNA. A avaliação da atividade antifúngica foi realizada através do método de microdiluição, de acordo com a norma M27-A2 (CLSI, 2002). Candida parapsilosis ATCC 22019 e Candida krusei ATCC 6258 foram utilizadas como controle. Os resultados foram interpretados segundo os pontos de corte (breakpoints) aplicados ao gênero Candida. As estirpes foram identificadas como Trichosporon asahii (18), T. coremiiforme (4), Candida carpophila (syn. C. guilliermondii) (4), Galactomyces candidum (syn. Geotrichum candidum) (3) e Cryptococcus laurentii (1). Todas as espécies são conhecidas por possuírem representantes que já foram relatados como patógenos oportunistas. Elas foram sensíveis aos azóis FCZ, VCZ e ITZ, com exceção de G. candidus, cujas estirpes apresentaram sensibilidade dose-dependente a FCZ e ITZ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

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A metilação de ilhas CpG em regiões regulatórias de vários genes tem sido descrita como um processo importante no silenciamento de genes supressores de tumor e diretamente envolvida no processo de carcinogênese de uma série de tumores. O estudo desses genes afetados pela metilação em tumores visa à procura de marcadores moleculares para o diagnóstico, prognóstico e tratamento de tumores, e também a caracterização do seu papel no processo biológico do câncer. O nosso grupo de pesquisa participou de um Projeto Temático que visa a identificação de genes metilados em tumores de cabeça e pescoço (processo 03/09497-3) e foi então proposta a utilização do sistema de duplo-híbrido de levedura como ferramenta no início da análise funcional destes genes. Dessa maneira, utilizando como isca o gene CRABP2 identificado como diferencialmente metilado em câncer de cabeça e pescoço, foi realizado o rastreamento de duplo-híbrido para a identificação de interações físicas proteína-proteína. Foram rastreados aproximadamente 2,1x105 transformantes neste sistema, dos quais 550 foram inicialmente positivos para His+. Desses, 182 transformantes confirmaram a marca His+ e foram testados para -galactosidase. Em seguida, 19 foram selecionados para passar pela etapa do “plasmid linkage”. Após esse teste, 9 clones confirmaram a ligação dos marcadores His+ e β-gal+ com a presença do plasmídeo LEU2 . Assim, após o sequenciamento dos insertos contidos nos clones identificados, ciclina D3 (CCND3), alfa-macroglobulina 2 (A2M) (2 clones), canal aniônico dependente de voltagem 2 (VDAC2), tubulina alfa 1 (TUBA1), tubulina alfa 2 (TUBA2), tubulina beta (TUBB), fator de ligação ao “enhancer” do gene interleucina 2 (ILF2) e desoxi-hipusina sintase (DHPS) emergiram como ligantes de CRABP2

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Em eucariotos os íntrons de mRNAs codificantes de proteína são retirados e os éxons são mantidos junto ao transcrito primário pela maquinaria do spliceossomo. Este consiste em um grande complexo RNA-proteína que contém mais de 200 proteínas e cinco tipos de RNAs não codificantes, metabolicamente estáveis, conhecidos como snRNAs U, que incluem U1, U2, U4, U5 e U6. Os genes snRNA U estão presentes em múltiplas cópias dispersas no genoma de diversos eucariotos e parecem apresentar comportamento semelhante aqueles dos elementos móveis exibindo pouca conservação sintênica. No presente trabalho pretendia-se estudar a organização genômica e a localização cromossômica do gene snRNA U1 em espécies de peixes do gênero Leporinus, que é um grupo de peixes que se configura como um modelo interessante para estudo de DNAs repetitivos e evolução genômica em peixes. Porém, após diversas tentativas não foi possível amplificar este gene e então optou-se por estudar o gene snRNA U2. O DNA genômico de diferentes espécies de Leporinus e de Schizodon (grupo próximo evolutivamente) foi amplificado utilizando primers específicos para o gene, por meio da técnica de PCR e os produtos obtidos enviados para o sequenciamento. O tamanho encontrado para essa sequência correspondeu a aproximadamente 200 pb, valor esse já encontrado para outras espécies. As sequências foram analisadas e resultados não concisos das sequencias obtidas não permitiram análises subsequentes. A localização cromossômica do gene foi realizada por meio da técnica de hibridação in situ e as marcações foram evidenciadas em um par cromossômico submetacêntrico de tamanho médio em todas as espécies. A localização destas sequências não mostrou relação com cromossomos sexuais, presentes em algumas das espécies analisadas, mas demonstrou forte evidência de conservação do gene entre as diferentes espécies estudadas

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The dimorphic pathogenic fungus, Paracoccidioides brasiliensis (Pb), is the etiological agent of paracoccidioidomycosis (PCM), the most important systemic mycosis in Latin America. While the yeast phase can be isolated from patients affected by paracoccidioidomycosis, dogs and naturally infected armadillos; several elements related to the ecology of the saprophytic phase of the pathogen, which is responsible for the production of infective propagules, are poorly understood, hampering the adoption of preventive measures. The demonstration of the high incidence of Pb infection in the 9- banded armadillo, Dasypus novemcinctus, has opened new perspectives for the identification of the pathogen’s habitat. At the opening of the armadillos’ burrows, spider webs are commonly found. The objective of this study was to evaluate the presence of Pb in spider webs samples related to the habitat of armadillos. Spider web samples were collected at Lageado Farm, Botucatu/SP and prepared for microscopic, molecular and mycological analyses. Microscopic analysis showed that different fungi were closely attached to spider web samples. Nested-PCR reaction showed positive amplification for Pb in 4 samples, with identity confirmed by amplicon sequencing. Fungal colonies also included members of Aspergillus, Blastobotrys, Penicillium, Candida, and Sporothrix genera, which are related to opportunistic disease and primary infections of great medical importance. In vitro adhesion tests of mycelia and yeast form of Pb to the spider webs were also performed, in order to analyze the possible physical attraction between fungal cells and the spider web protein network. The results showed a clear adherence of fungal particles to spider webs. In the current literature, there are no studies reporting adhesive properties of microorganisms to spider webs... (Complete abstract click electronic access below)

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Kaposi´s sarcoma associated herpesvirus (KSHV) or human herpesvirus 8 (HHV-8) is a gammaherpesvirus essential for the development of all forms of Kaposi´s sarcoma (KS). The KSHV’s life cycle is basically divided into latent and lytic phases, which have distinct viral gene expression profiles. Some important oncogenic products of KSHV are expressed during the lytic phase, including the viral K1 protein. As an effect of interfer-ence with intracellular signaling, K1 expression increases proliferation and survival of KSHV-infected cells. Due to its high level of genetic variability compared to other re-gions of the viral genome, the K1-encoding ORF (ORF-K1) is commonly evaluated for KSHV genotyping. It remains unclear whether different viral genotypes have particular biological effects that might modify the KSHV oncogenicity. The present study aimed to contribute to the establishment of an experimental in vitro model for evaluation of the K1 protein from common KSHV genotypes. Recombinant expression vectors with the ORF-K1 from KSHV genotypes A, B and C were prepared by genetic cloning. The recombi-nant vectors pKSHVOK1 obtained by cloning were sequenced for structural validation. After that, HEK293 cell line was transfected with the recombinant vectors, and proteins were extracted for expression analysis by Western blot technique, for K1 functional vali-dation. Results showed that ORF-K1 vectors containing KSHV ORF-K1 from the A, B and C genotypes were produced and structurally validated by DNA sequencing. The K1 expression at the protein level was also confirmed by immunoblots using an antibody for FLAG detection, an epitope from the vector that binds to K1. Based on presented re-sults, it´s possible to conclude that the recombinant vectors will be able to be used in future studies of K1 protein biological properties from distinct KSHV genotypes

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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This scientific research focus on the “Estudo de Impacto de Vizinhança” (EIV, Neighborhood Impact Study), a legal instrument instituted by federal law, and regulated by municipal law, that aims to evaluate the impacts in the neighborhood caused by the implantation or expansion of ventures within the urban zone. The main objective of this research was the formulation of general guidelines for EIV elaboration. Therefore, the following steps were considered: review of the legislation and literature on the theme; assessment of existing municipal legislation about this theme; assessment of EIVs elaborated within Rio Claro (SP); elaboration of the general guidelines for EIV elaboration, which were summarized in a flowchart

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A quantificação de citocinas felinas possibilita uma avaliação do sistema imune do animal em diferentes doenças, permite também a identificação de diferentes fatores que alteram sua secreção, e colabora na compreensão da patogênese das enfermidades. Em humanos e camundongos essa mensuração é feita principalmente pelo método de ELISA, mas para os felinos há uma menor disponibilidade de kits específicos para determinadas citocinas, e estes possuem um custo elevado. Assim, uma alternativa é utilizar a reação de PCR em tempo real com transcrição reversa (RT-qPCR) para quantificação absoluta dos RNAs mensageiros das citocinas felinas, uma técnica bastante sensível e específica para analisar a expressão desses genes. Com esse intuito, esse trabalho teve como objetivo clonar as sequências gênicas codificantes de citocinas, para construir uma curva padrão para a qPCR. Assim, foi feita extração de RNA de amostras de sangue total de gatos domésticos, e estes foram tratados com DNAse para evitar contaminação por DNA genômico. O cDNA foi sintetizado, e amplificado com os primers específicos para cada fragmento codificante de citocina e o GAPDH felino. Cada amplicon purificado foi inserido em um plasmídeo comercial, e introduzido em bactérias E. coli cepa DH5. Os clones recombinantes foram sequenciados para confirmar a inserção do fragmento no vetor. As curvas padrão da qPCR foram construídas com cada plasmídeo recombinante numa de 106 a 101 cópias por reação. O sequenciamento mostrou que todos os clones eram semelhantes àqueles encontrados no GenBank. A eficiência das amplificações, baseado no slope das curvas padrão foram: 101,3% para GAPDH, 99,1% para IL-1, 83,2% para IL-6, 94,4% para IL-10, 105,5% para IL-12, 83,4% para IFN- e 83,8% para TNF-. O valor de r2 foi de 0,99 em todas as reações. Dessa forma, com a clonagem dos fragmentos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

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Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

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Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Pós-graduação em Agronomia (Produção Vegetal) - FCAV

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Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV