618 resultados para RFLP


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外生菌根是重要的菌根类群,在自然界中分布广泛。外生菌根真菌参与了生物地球化学循环,是森林生态系统中的重要组分。由于外生菌根真菌的宿主植物通常是一些生态系统的优势种和建群种,并且这些真菌还参与了许多森林生态系统的有机和无机元素循环、物种的竞争和共存、生物多样性的维持、生态系统的演替等过程,因而对外生菌根真菌的研究有助于对这些生态系统维持和演替机制的深入理解。作者在中国四川都江堰地区选择了两个不同林龄的森林,应用分子生物学方法,研究了它们的外生菌根真菌群落组成。比较分析了两种年龄亚热带森林下真菌群落的物种组成、密度和多样性的差异,并分析了外生菌根真菌群落与宿主植物群落之间的相互关系,主要研究结果如下: (1) 用分子方法(巢式PCR, RFLP和DNA测序)鉴定了87个土样中的ECM真菌。共检测到70种真菌,属于13目21科30属,其中,子囊菌门5目6科6属8种,担子菌门8目15科24属62种。在担子菌门中,革菌目、红菇目和伞菌目三个目的真菌为常见种。 (2) 成熟林的ECM真菌物种数、密度和物种多样性都显著高于幼林。 (3) 少数几种ECM真菌在群落中占绝对优势,而大多数种类的相对多度和相对频度都较低。重要值(IV)至少在一个样地中大于4.0%的真菌共有12种。成熟林中,IV大于4.0%的ECM真菌有8种,分别是:Russula sp.01,Tomentella sp.01,Tomentella sp.04,Tomentella sp.05,Boletales-01,Lactarius sp.01,Tricholomataceae-01,Leptodontidium sp.01;幼林中IV大于4.0%的真菌有6种,分别是:Lactarius quietus,Russula sp.01,Tomentella sp.01,Tomentella sp.02,Tomentella sp.03, Trechisporales-01。 (4) 成熟林与幼林中的优势属有所不同,成熟林以绵菌属和红菇属最丰富,幼林以乳菇属最丰富,其次是绵菌属和红菇属; (5) ECM真菌群落与乔木群落关系密切,ECM真菌群落物种多样性随着菌根乔木群落物种多样性的增加而增加;ECM群落密度随着非菌根乔木群落密度的增加而降低;ECM群落物种数随着非菌根乔木群落物种数的增加而降低。 (6) ECM真菌群落间的相似性与菌根乔木群落间相似性之间呈显著正相关,即,菌根乔木群落之间越相似,则菌根群落之间也越相似;ECM群落间的相似性与非菌根乔木群落间的相似性之间无相关性。

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杜鹃花属(Rhododendron L.)植物分布广泛,研究发现所有的杜鹃花科植物都能形成一种特殊的菌根——杜鹃花类菌根(Ericoid Mycorrhiza)。杜鹃花类菌根对杜鹃花科植物在营养胁迫的环境下生长起到重要的作用。近几年,对杜鹃花类菌根的生物学和生态功能的研究越来越重视。我国是杜鹃花属植物资源最为丰富的国家,因此研究杜鹃花属植物菌根真菌多样性,充分利用杜鹃花特有的菌根资源,促进杜鹃花迁地保护成功具有重大的意义。 本研究以分布较广并且是中国特有的杜鹃花属植物——大白花杜鹃(Rhododendron decorum Franch.)的野生植株为研究对象,应用直接扩增根中真菌ITS区的分子鉴定方法和T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)的分析方法,来研究其菌根真菌的多样性;并结合生态化学计量学特征分析、宿主遗传相似性及其群落组成分析等内容,探讨大白花杜鹃的菌根真菌-宿主植物-根际土壤三者之间的关系。主要结果如下: (1)通过用直接扩增真菌ITS区序列,揭示了大白花杜鹃根部真菌的多样性,本研究发现,野生大白杜鹃根部的真菌种类比较丰富,至少有26个ITS-taxa,包括子囊菌和担子菌共5个真菌目:Helotiales、Lecanorales(≡Agyriales)、Onygenales、Sebacinales和Thelephorales,其中包括典型的ERM真菌——树粉孢属Oidiodendron sp.(Myxotrichaceae)真菌。另外还发现了黑色有隔内生菌(Dark septate endophyte,DSE)以及一些未命名的子囊菌。担子菌在本研究中占有较大比例,尤其是蜡壳耳菌目真菌;此外还有较典型的外生菌根真菌——革菌目真菌。 (2)大白花杜鹃野生植株与栽培植株在菌根真菌种类组成上,有一定的相似性;在忽略种源差异等条件下相较而言,前者的物种丰富度远高于后者。 (3)大白花杜鹃菌根真菌多样性和丰富度同它的根际土壤与叶片的C、N、P含量以及C/N、N/P、土壤pH值、宿主的海拔高度等都没有显著的相关关系。 (4)在大白花杜鹃的菌根真菌群落组成方面,整体上保持了相当程度的相似性,同时还保持了一定水平的差异;大白杜鹃菌根真菌的种类是丰富的,优势度指数表明其多样性水平很高。 (5)大白花杜鹃的遗传距离与其菌根真菌群落组成结构有极显著的相关关系,宿主的种内遗传差异可能对菌根真菌群落物种组成产生选择偏好。 (6)大白花杜鹃的群落组成与其菌根真菌群落组成有极为显著的关联性,伴生种的菌根类型可能会影响宿主植物菌根真菌的物种组成结构。

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线粒体 DNA 限制性片段长度多态性(RFLP)分析, 已被广泛地应用于动物的系统进化和遗传多样性研究, 取得了许多有意义的结果. 线粒体 DNA RFLP 分析一般有两条途径: 一是从动物组织中提取 mtDNA 后, 酶切, 紫外灯下观察, 或放射性自显影. 这要求所提取的 mtDNA 量足够多, 或纯度相当高; 二是将基因组DNA酶切后, 用 mtDNA 探针进行 Southern 杂交. 该途径不需要专门提纯 mtDNA, 特别适合于微量 mtDNA 的 RFLP 分析进行 Southern 杂交分析, 关键在于要有高质量的探针. 用于制备探针的 mtDNA, 纯度要求较高, 一般采用氯化铯密度梯度离心或制备 mtDNA 克隆等方法获得. 这些方法, 不仅操作步骤繁锁, 而且设备条件要求高, 在一般实验室难以实施。

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该研究用12种识别六碱基的限制性内切酶对来自云南省3个地方绵羊品种11个样本的线粒体DNA(mtDNA)进行了限制性片段长度多态性分析(RFLP),结果表明,云南绵羊群体平均核苷歧异度为0.086%,平均遗传距离为0.004,说明mtDNA变异度很低,遗传多样性贫乏,提示云南绵羊可能起源于同一个共同祖先;昭通绵羊与德钦绵羊距离较远,大约分歧于30万年前,德钦绵羊与腾冲绵羊大约分歧于11万年前,而腾冲绵羊与昭通绵羊也于18万年前发生分歧。

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mtDNA genotypes of six domestic horses (three adult short horses whose heights are under 1 m and three common domestic horses) from a small region of 15 km(2) in Malipo county of Yunnan province of China were investigated by the technique of restriction fragment length polymorphism (RFLP) with restriction endonucleases which recognize 6-bp sequences. An average of fragments for an individual was obtained. Unlike other domestic animals, this population of horses exhibits high mtDNA genetic diversity. Each of the six horses has a specific mtDNA genotype showing a pattern of multiple maternal origins, as suggested by fossil and literature records. We think the population of horses is an amazing seed-resource pool of horses and hence deserves to be paid more attention from the view of conservation genetics. However it is also remarkable that we did not find any typical mtDNA genetic markers which would discriminate between short horses and common domestic horses.

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以14种限制性内切酶分析来自海南岛的海南黄牛和雷州半岛的徐闻黄牛的线粒体DNA限制性片段长度多态性(mtDNA RFLP)。结果只有一种限制性内切酶(sal I)在海南黄牛中检测到多态性, 且其中的C型(15.0, 1.3)尚未见报道。结果还显示, 两个品种6个个体的mtDNA基因单倍型全部表现为A型, 即瘤牛的血统, 并表明两个品种的亲缘关系很近。

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该试验利用 Apal,BamHI,BclI,BglI,BglⅡ,DraI,EcoRI,EcoRV,HaeⅡ,HindⅢ, KpnI,PstI,PvuⅡ,SacI,SalI,SmaI 和 X hoI 计18种限制性内切酶, 研究了来自欧洲、非洲及国内的5个山羊品种共计33只个体的 mtDNA, 共检测出27种限制性态型,可归结为8种单倍型. 结果表明, 国内2个山羊品种的基本单倍型为 BamHl-A, Bcl, I-B, ClaI-A, EcoRI-A, EcoRV- A, HaeIIA, HindIII-C和PvuⅡ-A, 以及为 BamHl-A,BcII-A,ClaI-A, EcoRI-A, EcoRV-A, HaeⅡ-A, HindIII-C和PvuⅡ-A.II一A, 而欧洲及非洲3个山羊品种基本的单倍型为BamHl-B, BcII-A, ClaI-A, EcoRI-A, EcoRV-A, HaeⅡ-A, HindIII-B和PvuⅡ-A,这一结果提示本研究几个受试山羊品种可能有两种不同的母系来源; 同时, 各品种的分子聚类图也表明国内2个山羊品种间具有较近的亲缘关系, 而欧洲品种和非洲3个品种间的亲缘关系较近, 这一结果也支持上述几个受试山羊品种可能有不同野生祖先的结论, 同时也验证了欧洲品种萨能羊曾引入过奴比羊的事实。

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用19种限制性内切酶对云南鹅昆明群体和德宏群体的13只个体进行了mtDNA RFLP分析。结果表明:所有受试样品的mtDNA都为一种类型,没有检测到变异。

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运用19种限制性内切酶对中国11个家鹅品种138个样本进行了mtDNA的限制性片段长度多态性(RFLP)分析。在使用的19种内切酶中,有7个酶检测出多态。综合27种限制性态型(restrictionmorph),可得到6种mtDNA单倍型(hopotype)。伊犁鹅与另外10个鹅品种没有共享的单倍型,遗传距离和UPGMA聚类分析也表明,伊犁鹅与这些品种具有不同的起源。EcoRV、HaeⅡ、HincⅡ和KpnⅠ4种酶的限制性态型可作为鉴别两种起源家鹅的母系遗传标记。

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用24种限制性内切酶分析了我国21个具代表性地方猪品种、1个引进品种和2个来自中国和越南的野生近缘种mtDNA的RFLP。结果表明:在74个个体中检出的32种限制性态型可归结成7种单倍型,其间的差异主要来源于少数几个限制性位点的点突变;地方猪种4种单倍型间的平均遗传距离为0.143%,遗传多态程度(π值)仅为0.007%,说明遗传多样性非常贫乏,提示中国地方猪种可能起源于一个野猪亚种。

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以15种限制性内切酶,用限制性片段长度多态方法分析了贵州黄牛4个地方品种和1个育成品种--贵州黑白花奶牛的mtDNA多态性。发现贵州黄牛有两种类型的mtDNA分子,即普通黄牛类型和瘤牛类型,两者的频率分别是44.07%和55.93%,没有发现重组和中间类型。贵州黑白花奶牛的mtDNA与贵州黄牛类似。贵州黄牛可能起源于普通牛和瘤牛。此外,根据品种间亲缘关系的推断,对“盘江黄牛”和“巫陵黄牛”两个品种的命名进行了讨论。

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采用15种限制性内切酶,研究贵州省4个山羊(capra sp.)品种共93只个体的线粒体DNA多态性。其中BamHI、HindIII和SalI3种酶的酶切类型存在多态。共检测到18种限制性态型,归结为3种mtDNA单倍型。单倍型I和II在贵州山羊4个品种中分布频率较高,分别为77.42%和21.50%,单倍型III分布频率较低(1.08%);品种间亲缘关系聚类分析表明白山羊和黑山羊亲缘关系最近,其次为黔北麻羊,而与小香羊的亲缘关系最远。

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果蝇Drosophila nasuta亚群由14个处于不同物种分化阶段的种、亚种和分类元组成。这个亚群的物种有许多进化上的独特之处,使得它在物种分化研究方面倍受关注。然而,在形态学、生殖隔离、染色体和同工酶多态、线粒体DNA RFLP、求偶歌特征以及线粒体和核基因序列分析等方面的研究都未能清楚地阐明这一亚群的系统进化关系。

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国家自然科学基金;其它部委、高等院校基金

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运用21种限制性内切酶对银细自然群体进行了mtDNA的限制性片断长度多态性 (RFLP)分析。发现银姻自然群体存在丰富的mtDNA多态性,从4个群体39个个体中,共检测 到12种单倍型,对这一现象的成因进行了探讨。依据单倍型和群体的系统发育关系,结合地 理分布的资料,对其现今分布区相互间的历史联系及其对银姻起源和分化的影响进行了分析。