Stochastic modeling of bacterial protein domains distribution to predict horizontal gene transfer

In questo elaborato, abbiamo tentato di modellizzare i processi che regolano la presenza dei domini proteici. I domini proteici studiati in questa tesi sono stati ottenuti dai genomi batterici disponibili nei data base pubblici (principalmente dal National Centre for Biotechnology Information: NCBI) tramite una procedura di simulazione computazionale. Ci siamo concentrati su organismi batterici in quanto in essi la presenza di geni trasmessi orizzontalmente, ossia che parte del materiale genetico non provenga dai genitori, e assodato che sia presente in una maggiore percentuale rispetto agli organismi più evoluti. Il modello usato si basa sui processi stocastici di nascita e morte, con l'aggiunta di un parametro di migrazione, usato anche nella descrizione dell'abbondanza relativa delle specie in ambito delle biodiversità ecologiche. Le relazioni tra i parametri, calcolati come migliori stime di una distribuzione binomiale negativa rinormalizzata e adattata agli istogrammi sperimentali, ci induce ad ipotizzare che le famiglie batteriche caratterizzate da un basso valore numerico del parametro di immigrazione abbiano contrastato questo deficit con un elevato valore del tasso di nascita. Al contrario, ipotizziamo che le famiglie con un tasso di nascita relativamente basso si siano adattate, e in conseguenza, mostrano un elevato valore del parametro di migrazione. Inoltre riteniamo che il parametro di migrazione sia direttamente proporzionale alla quantità di trasferimento genico orizzontale effettuato dalla famiglia batterica.

Investigation of petabyte-scale data transfer performances with PhEDEx for the CMS experiment

PhEDEx, the CMS transfer management system, during the first LHC Run has moved about 150 PB and currently it is moving about 2.5 PB of data per week over the Worldwide LHC Computing Grid (WLGC). It was designed to complete each transfer required by users at the expense of the waiting time necessary for its completion. For this reason, after several years of operations, data regarding transfer latencies has been collected and stored into log files containing useful analyzable informations. Then, starting from the analysis of several typical CMS transfer workflows, a categorization of such latencies has been made with a focus on the different factors that contribute to the transfer completion time. The analysis presented in this thesis will provide the necessary information for equipping PhEDEx in the future with a set of new tools in order to proactively identify and fix any latency issues. PhEDEx, il sistema di gestione dei trasferimenti di CMS, durante il primo Run di LHC ha trasferito all’incirca 150 PB ed attualmente trasferisce circa 2.5 PB di dati alla settimana attraverso la Worldwide LHC Computing Grid (WLCG). Questo sistema è stato progettato per completare ogni trasferimento richiesto dall’utente a spese del tempo necessario per il suo completamento. Dopo svariati anni di operazioni con tale strumento, sono stati raccolti dati relativi alle latenze di trasferimento ed immagazzinati in log files contenenti informazioni utili per l’analisi. A questo punto, partendo dall’analisi di una ampia mole di trasferimenti in CMS, è stata effettuata una suddivisione di queste latenze ponendo particolare attenzione nei confronti dei fattori che contribuiscono al tempo di completamento del trasferimento. L’analisi presentata in questa tesi permetterà di equipaggiare PhEDEx con un insieme di utili strumenti in modo tale da identificare proattivamente queste latenze e adottare le opportune tattiche per minimizzare l’impatto sugli utenti finali.