Estudo de genômica comparativa de corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 226 (biovar ovis)

Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa, nãoesporulante, não-capsulada e sem mobilidade, contudo possui fímbria, e pode assumir formas cocóides e filamentosas (pleomórfica), além disto, apresenta crescimento ótimo à 37°C. Este patógeno apresenta dois biovares: ovis que geralmente acomete pequenos ruminantes, e causa a doença linfadenite caseosa, e biovar equi, mais comum em equinos, bovinos, camelídeos, e bubalinos causando a Linfangite ulcerativa. A infecção por esta bactéria pode levar a condenação das carcaças e redução de lã (em ovinos e caprinos), leite e carne destes animais, e consequentemente a perdas econômicas para a indústria agropecuária mundial. Atualmente, ainda não existe uma vacina eficaz para estas doenças. A fim de obter um maior entendimento biológico entre as espécies o presente trabalho tem como objetivo principal analisar, por meio da genômica comparativa a linhagem C. pseudotuberculosis 226 biotipo ovis isolada de um caprino na Califórnia com outras linhagens do biovarar ovis e equi. Na análise de sintenia entre as linhagens foi possível identificar que a linhagem 226 apresenta alta conservação da ordem gênica entre as linhagens do biótipo ovis. Através de análises filogenômicas foi possível identificar que as linhagens I19 e 267 apresentaram maior e menor proximidade filogenética com a linhagem 226. A linhagem 1/06-A foi a que apresentou maior proximidade filogenômica entre as linhagens do biovar equi, quando comparadas a linhagem 226. Foram preditas 8 ilhas de patogenicidade, estando presente na ilha 1 os genes relacionados a virulência de C. pseudotuberculosis mais bem descritos na literatura. Não houveram regiões novas relacionadas a genes de virulência entre nenhuma das linhagens. Foram identificados 248 genes ortólogos entre as linhagens I19, 267 e 226 e 282 genes ortólogos entre as linhagens 258,1/06-A e 226. Com base nesse estudo é possível inferir que as linhagens do biovar ovis possuem um repertório gênico pouco variado e que as linhagens do biovar equi apresentam uma quantidade menor de genes compartilhados com a linhagem 226, corroborando com a diversidade gênica entre os biovares.

Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

Avaliação do estado secretor ABH e Lewis em mulheres não grávidas com e sem risco de desenvolver vulvovaginite por Candida sp

Um estudo epidemiológico da prevalência da infecção por Candida sp. em mulheres não grávidas foi realizado em uma população do Norte do Brasil (Belém-Pará, 2002). Este estudo teve como objetivo principal contribuir para esclarecer os mecanismos de infecção por Candida sp e sua possível associação com os antígenos de grupos sangüíneos ABO e Lewis e estado secretor de substâncias ABH. Tal estudo compreendeu um total de 165 mulheres, atendidas no Ambulatório do Hospital da Polícia Militar e Laboratório de Análises Clínicas do centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal do Pará, que procuraram essas unidades para a realização de exames ginecológicos, das quais foram coletadas amostras de sangue, saliva e muco vaginal. A presença da infecção por Candida sp foi feita através do exame a fresco de secreção vaginal e bacterioscopia da secreção vaginal. A identificação dos fenótipos ABH e Lewis no sangue foi determinada pelos testes de hemaglutinação direta e na saliva pelo dot-blot Elisa. Aplicou-se um questionário padrão para obtenção das informações epidemiológicas. A prevalência da infecção por Candida sp foi de 47,9%. Dentre os sintomas mais comumente associados à infecção por Candida sp, destacaram-se o prurido e corrimento. Mulheres com idade inferior a 40 anos, que não faziam uso de preservativo e que já tiveram infecções anteriores apresentaram um maior risco de infecção vulvovaginal por Candida sp. Mulheres infectadas e não infectadas por Candida sp tiveram distribuição similares para os fenótipos de grupos sangüíneos ABO, Lewis e estado secretor de substâncias ABH. E na comparação da expressão dos antígenos Lewis no sangue, saliva e muco vaginal, verificou-se que ambas as secreções expressavam antígenos Lewis sem qualquer estreita correlação dos fenótipos eritrocitários Lewis. Neste contexto, considera-se que a natureza da diversidade genética na interação entre hospedeiro e Candida sp requer estudos complementares envolvendo a identificação de diferentes cepas para determinar estas prováveis associações entre os fenótipos de grupo sangüíneos ABH e Lewis com candidíase.

Soroepidemiologia da Helicobacter pylori em crianças e suas mães: avaliação dos fatores de risco

Uma investigação com o objetivo de estudar a soroprevalência da infecção pela bactéria Helicobacter pylori foi realizada em 100 crianças, entre 1 e 12 anos, no Hospital Universitário João de Barros Barreto, em Belém, Brasil, e em suas respectivas 100 mães. Analisaram-se possíveis fatores de risco relacionados à infecção e possíveis associações da infecção entre as mães e seus filhos, inclusive por cepas CagA. Colheram-se amostras de sangue e saliva de todos os participantes e fezes das crianças. A sorologia anti-H. pylori foi realizada pela hemaglutinação indireta e a anti-CagA por Elisa. Os fenótipos ABH e Lewis no sangue foram determinados por hemaglutinação direta e na saliva por dot-blot Elisa. Pesquisou-se antígenos da bactéria em 79 amostras de fezes das crianças por um Elisa de captura. Informações pessoais e familiares foram obtidas através de um questionário padrão. A soroprevalência nas crianças foi de 50,0% e nas mães de 86,0%. A soroprevalência nas crianças aumentou com a idade (p<0,05) e com o hábito de freqüentarem creche ou escola (p<0,05). Os métodos Elisa de captura e hemaglutinação indireta apresentaram desempenhos semelhantes nas crianças, sendo que nas de 1 a 4 anos observaram-se maiores discordâncias (p<0,05). Mães infectadas representaram fator de risco para infecção em seus filhos (p<0,05), sobretudo mães com cepas CagA (p<0,005). Procedência de municípios com 100 mil habitantes ou mais (p<0,05), água encanada (p<0,05), ausência de instalações sanitárias (p<0,005) e de saneamento na residência (p<0,05) representaram risco para infecção familiar. A transmissão da H. pylori foi facilitada pelas precárias condições de higiene e saneamento, conglomerados urbanos e por contatos íntimos entre as crianças e mães, mediante as rotas de transmissão fecal-oral, oral-oral e/ou gastro-oral.

Avaliação do nível de concordância do teste imunocromatográfico OptiMAL-IT® e a gota espessa no diagnóstico da malária, no município de Mazagão-AP, Brasil

O diagnóstico precoce e o tratamento adequado dos casos de malária é a principal estratégia para o controle da doença. Várias alternativas para o diagnóstico microscópico tradicional foram propostas nos últimos anos, os testes imunocromatográficos que capturam antígenos alvos dos parasitos da malária estão sendo propostos, como o teste OptiMAL-IT® que detecta a desidrogenase lática do Plasmodium sp.. O estudo teve como objetivo a avaliação do nível de concordância entre o teste imunocromatográfico (OptiMAL-IT®) e a gota espessa para o diagnóstico da malária no Município de Mazagão – Amapá. Foram analisados 413 indivíduos com sintomatologia de malária, que procuraram o serviço da Unidade Mista de Saúde de Mazagão, com idade entre 01-68 anos. Os resultados do teste OptiMAL-IT® foram comparados com os resultados obtidos (das amostras) através da gota espessa corada pelo Giemsa. Dos 413 pacientes suspeitos de apresentarem malária, 317(76.8%) eram positivos através da GE e 311 (75.3%) eram positivos pelo TDR. Das lâminas de GE positivas, foram encontrados 27.4% de P. falciparum e 72.6% de P. vivax. O teste OptiMAL-IT® detectou 27.7% de P. falciparum e 72.3% de P. vivax. A sensibilidade obtida com o TDR para o P. falciparum foi de 97.7% e para o P. vivax foi de 98.2%, a sensibilidade global do TDR foi de 98.1% e a especificidade global e para ambas as espécies foi de 100%. Foram encontrados valores preditivos positivos e negativos de 100% e 94.1%, respectivamente. O teste OptiMAL-IT®, teve uma alta concordância com a GE, foi específico e eficiente, podendo ser usado no diagnóstico de malária nas situações onde a microscopia não está disponível.

Expressão dos antígenos ABH e Lewis na gastrite crônica e alterações pré- neoplásica da mucosa gástrica

RACIONAL: A aderência do Helicobacter pylori à mucosa gástrica humana é pré-requisito para sua colonização e o desenvolvimento da gastrite crônica. Os antígenos de grupos sangüíneos, presentes no muco gástrico, são descritos como prováveis receptores da bactéria neste epitélio. A expressão alterada destes antígenos está associada ao desenvolvimento do câncer gástrico. OBJETIVOS: Verificar a ocorrência do Helicobacter pylori e a distribuição da expressão dos antígenos ABH e Lewis correlacionada com as alterações histopatológicas de pacientes com gastrite crônica. PACIENTES E MÉTODOS: Analisaram-se 63 amostras de sangue, saliva e biopsias gástricas de pacientes com gastrite crônica através das técnicas dot-blot-ELISA, imunoperoxidase indireta e colorações do Gram modificado e hematoxilina-eosina. RESULTADOS: Não foram encontradas associações significativas entre a presença da bactéria e os fenótipos de grupos sangüíneos ABH, Lewis e Secretor. Na maioria dos pacientes, a expressão dos antígenos ABH e Lewis, estava restrita principalmente ao epitélio foveolar da mucosa gástrica, concordando com a expressão ao nível salivar. A expressão inapropriada desses antígenos ocorria sempre na infecção pelo Helicobacter pylori e/ou alterações pré-neoplásicas da mucosa gástrica. Em áreas com metaplasia intestinal foi observada a redução da reatividade para os antígenos H e Le^b, e principalmente o aumento de Le^ª. CONCLUSÃO: Alterações no padrão de glicosilação destes antígenos refletem diferentes estágios de diferenciação celular e são marcadores potenciais na avaliação diagnóstica e prognóstica das patologias gástricas.