Sequenciamento de DNA e imunoistoquímica renal para detecção de Leishmania sp em cães

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Sequenciamento de linhas de montagem múltiplas em ambiente de produção enxuta utilizando simulação

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Amplificação, clonagem e sequenciamento de promotores de café (Coffea arabica cv Mundo Novo) específicos de fruto e ubíquos

The Coffee Genome Project made available to the scientific community relevant information that made practical the identification and cloning of important genes, as well as the identification of the major sequences involved on their regulation. The aim of the present study was to amplify, clone and sequence coffee promoters with specific expression patterns. For that, coffee ESTs which known expression profiles were employed. First, the promoter regions of coffee genes showing, respectively, fruitspecific and ubiquitous expression were amplified using the Genome Walking strategy. Amplified sequences were then inserted in the pGEM-Teasy vector (Promega) and sequenced. Once completed the sequencing, an expression cassette was constructed using the binary vector pCAMBIA-1381z (Cambia). These expression cassettes were cloned into Agrobacterium tumefaciens, and transgenic tobacco plants were generated aiming the functional characterization of these promoters

Sequenciamento de um fragmento de DNA mitocondrial de Camponotus textor (Forel, 1899) (Hymenoptera, Formicidae)

A grande diversidade das formigas implica na enorme variedade de hábitats de nidificação, preferências alimentares e comportamento social com divisão de trabalho, além da estruturação de seu ninho que por sua vez, podem revelar parte de sua história evolutiva. Camponotus textor é uma espécie tecelã, a qual constrói seu ninho a partir da seda produzida pelas suas próprias larvas, garantindo um dos mais notáveis exemplos de cooperação social. É uma formiga arborícola e de grande importância para a agricultura, já que pode nidificar no cafeeiro (Coffea arabica) e ser usada como agente de controle biológico impedindo o estabelecimento de outras pragas. Atualmente, existem poucos estudos abordando comportamento, fisiologia, genética, endossimbiontes e filogenia desse grupo. Segundo dados da literatura, o DNA mitocondrial tem sido utilizado em análises de filogenia devido ao ótimo número de cópias por célula, altas taxas mutacionais e pouca ou nenhuma recombinação. Sendo assim, o presente trabalho visa realizar o sequenciamento de um fragmento do DNA mitocondrial de populações distintas de Camponotus textor para ser utilizado como marcador molecular, tornandose uma ferramenta para diferenciação de populações e determinação das relações filogenéticas entre outras espécies de formigas relacionadas. Foi feita a extração do DNA em TNES (Tris, NaCl, EDTA, SDS), seguida da amplificação da região COI (citocromo oxidase I) do DNA mitocondrial utilizando-se os primers elaborados para este trabalho e o sequencimento foi realizado no 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). As seqüências obtidas foram editadas no BioEdit, e posteriormente comparadas com o banco de dados GenBank, utilizando-se a ferramenta BLAST, e assim a construção da análise filogenética através do programa MEGA. Foi possível a separação das cinco populações em duas linhagens distantes geograficamente

Amplificação, clonagem e sequenciamento do promotor de um gene que codifica uma aquaporina com expressão específica em rais de eucalipto (Eucalyptus grandis)

A biotecnologia define-se pelo uso de conhecimentos sobre os processos biológicos e sobre as propriedades dos seres vivos, com o fim de resolver problemas e criar produtos de utilidade. É importante frisar que uma das principais vantagens da biotecnologia moderna voltada para a área vegetal é a de poder gerar estratégias de melhoramento aplicáveis a diferentes culturas. Uma das principais estratégias de ação nessa área trata da produção de plantas geneticamente modificadas com transgenes de interesse. Nesse contexto, a identificação e caracterização de promotores com padrão de expressão tecido-específico é essencial para que a expressão de tais transgenes em plantas de interesse agronômico e florestal, como em eucalipto, fique limitada a determinados órgãos/tecidos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo clonar e sequenciar a região promotora de um gene com expressão específica em raiz de eucalipto cujo produto gênico tem similaridade a uma aquaporina. Uma vez clonado, o promotor foi introduzido em vetor binário e inserido em plantas de tabaco visando a sua caracterização funcional. Além disso, a expressão do gene em estudo foi investigada em eucalipto, e uma analise filogenética comparativa com outras angiospermas foi empreendida

Pesquisa de genes de resistência do M. tuberculosis a isoniazida e rifampicina por sequenciamento e pela tecnologia de DNA-STRIP

Tuberculose (TB), causada por Mycobacterium tuberculosis, é uma das doenças infecciosas que mais causam mortes. Estima-se que mais de dois bilhões de pessoas estejam infectadas no mundo. O tratamento da TB consite em associação de fármacos, isoniazida, rifampicina, pirazinamida e etambutol, nos primeiros 2 meses e 4 meses de isoniazida e de rifampicina. Internacionalmente, são consideradas cepas multi resistentes (MDR), as que apresentam resistência simultânea a isoniazida e a rifampicina. A rápida detecção de resistência é essencial para o controle e tratamento da TB, reduzindo, assim, o custo do tratamento e a transmissão da doença. Neste projeto, os isolados já identificados fenotipicamente como resistentes a isoniazida e/ou rifampicina, foram submetidos ao sequenciamento de Sanger para pesquisa de 3 genes relacionados a resistência a isoniazida (katG, inhA e ahpC) e 1 gene de resistência a rifampicina (rpoB). Foi realizada uma comparação destes genes mutados para a resistência utilizando o novo teste desenvolvido pela Biomérieux, denominado GenoType® MTBDRplus, que se baseia na tecnologia DNA-STRIP. Através deste novo teste, foi observada mutação em 22 isolados clínicos de M. tuberculosis para genes de resistência a isoniazida e/ou rifampicina, sendo 4 provenientes do MS e 18 de SP. Já pelo sequenciamento genético foi observada mutação em 24 isolados para genes de resistência a isoniazida e/ou rifampicina, sendo 6 provenientes do MS e 18 de SP. Portanto, através do sequenciamento de Sanger, foi possível detectar um número maior de isolados mutados e mais mutações quando comparado ao teste GenoType® MTBDRplus. Isso acontece porque na técnica de sequenciamento, um fragmento do gene como um todo é analisado e no caso do teste GenoType® MTBDRplus, é verificada apenas a ausência ou presença das mutações mais frequentes descritas na literatura, além de não ser analisado o gene ahpC. A grande ...

Analise microbiológica da flora intestinal do mosquito Aedes Aegypti através do sequenciamento do gene 16S rRNA na plataforma Illumina MiSeq

Dengue é uma arbovirose que afeta cerca de 100 milhões de pessoas anualmente, em mais de 100 países situados nas regiões tropicais e subtropicais. Foi considerada a doença viral que mais cresceu no ultimo ano, repercutindo em impactos sociais e econômicos nas regiões endêmicas devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O principal vetor da dengue é o mosquito Aedes aegypti, presente em toda a faixa tropical e subtropical. Por apresentar hematofagia antropofílica, rápido desenvolvimento e características comportamentais especificas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle da disseminação da dengue são restritas à eliminação do mosquito vetor, e um tratamento específico ainda não foi desenvolvido, bem como a criação de uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos do arbovírus. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à composição da microbiota intestinal do inseto. As bactérias presente no intestino do mosquito exercem funções relacionadas a sua nutrição, desenvolvimento e reprodução, e são também um importante fator na eliminação de patógenos, por interferirem diretamente na atividade viral, ou indiretamente a partir da ativação das vias antivirais pelos micro-organismos. Dessa forma, este trabalho visa estudar a diversidade microbiana intestinal do mosquito Aedes aegypti em diferentes estágios de vida, através de sequenciamento de última geração com a plataforma MiSeq Illumina

Resolução do problema de sequenciamento de múltiplas linhas de montagem de modelos mistos em ambiente de produção enxuta

This work deals with the sequencing of Multi-Mixed-Model Assembly Lines in a lean manufacturing environment, where an operational structure where several kanbans support several mixed-model assembly lines, so that all assembly lines can receive parts or sub-assemblies from all suppliers. To optimize this system, the sequencing seeks to minimize the distance between the real consumption and the constant ideal consumption of parts or subassemblies, thereby reducing the scaling of kanbans and intermediate stocks. To solve the sequencing problems, the method Clustering Search was applied along with the metaheuristics Variable Neighborhood Search, Simulation Annealing and Iterative Local Search. Instances from the literature and generated instances were tested, thus allowing comparing the methods to each other and with other methods presented in the literature. The performance of the Clustering Search with Iterated Local Search stands out by the quality and robustness of their solutions, and mainly for its efficiency, whereas it converges to better results at a lower computational cost

Análise da relação filogenética entre Triatoma carcavalloi Jurberg, Rocha; Lent, 1998; Triatoma circummaculata Stal, 1859; Triatoma klugi Carcavallo, Jurberg, Lent; Galvão, 2001 e Triatoma rubrovaria Blanchard, 1843 (Hemiptera, Reduviidae) baseada no sequenciamento de genes do DNA mitocondrial e nuclear

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Um estudo sobre limites duais para o problema integrado de dimensionamento de lotes e sequenciamento da produção

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estado da arte do sequenciamento genômico na pecuária

There has been a lot of advance in genomics since 1975 when the possibility to determine the nucleotide sequence of a genome was described. In the 90’s the human genome sequencing was started and it was greatly favored by advances in computer technologies. In the last ten years the development of next generation sequencing technologies allowed the sequencing of millions of bases at low cost and in a shorter time compared to the previous technologies. After the conclusion of the human genome project, several initiatives to sequence the genome of domestic animal species were taken, resulting in a large amount of data that is redirecting the goals of genetic studies in domestic animals. The aim of this review was to describe the present situation of the sequencing initiatives on the main domestic animal species of economical interest as well as to list the most important tools available to access the genomic information.

Identificação de genes de predisposição à síndrome dos carcinomas de mama e tireoide por sequenciamento total do exoma

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Reformulações para o problema integrado de dimensionamento e sequenciamento da produção

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Imunorreatividade da p53 associada à ausência de mutações no gene TP53 em linfomas caninos

Sabendo-se da influência das mutações no gene TP53 no desenvolvimento das neoplasias e da discrepância entre os resultados obtidos pelas técnicas de sequenciamento e imunoistoquímica, esta pesquisa teve como objetivo relacionar a sequência do TP53 com a imunorreatividade da p53. Foram obtidas amostras de linfoma de 12 cães. O diagnóstico histopatológico foi determinado pela classificação de Kiel. O imunofenótipo e a imunomarcação da p53 foram determinados por imunoistoquímica. Para reação com a p53, utilizou-se anticorpo policlonal anti-p53 (CM1) na diluição de 1:500. A região do gene TP53 compreendida entre os exons quatro e nove foi amplificada por PCR e submetida ao sequenciamento. Apesar dos resultados obtidos pela imunoistoquímica, nenhuma mutação foi encontrada nas sequências analisadas. Conclui-se que a imunorreatividade da p53 pela imunoistoquímica não pode ser atribuída à presença de mutações no domínio central do gene TP53.

Molecular and serological detection of Leishmania spp. in captive wild animals from Ilha Solteira, SP, Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)