Caracterização de rizóbios indicados para produção de inoculantes por meio de sequenciamento parcial do 16S rRNA

O objetivo deste trabalho foi confrontar as sequências parciais do gene 16S rRNA de estirpes padrão de rizóbios com as de estirpes recomendadas para a produção de inoculantes no Brasil, com vistas à verificação da confiabilidade do sequenciamento parcial desse gene para a identificação rápida de estirpes. Foram realizados sequenciamentos através de reação em cadeia da polimerase (PCR) com iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rRNA entre as bactérias estudadas. Os resultados foram analisados pela consulta de similaridade de nucleotídeos aos do Basic Local Alignment Search Tool (Blastn) e por meio da interpretação de árvores filogenéticas geradas usando ferramentas de bioinformática. A classificação taxonômica das estirpes Semia recomendadas para inoculação de leguminosas com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira não foi confirmada em todas as estirpes. A maioria das estirpes estudadas, consultadas no Blastn, é consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas das sequências destas estirpes, com base na similaridade pelo sequenciamento parcial do gene considerado.

Identificação de comunidades bacterianas de solo por seqüenciamento do gene 16S rRNA

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Analise microbiológica da flora intestinal do mosquito Aedes Aegypti através do sequenciamento do gene 16S rRNA na plataforma Illumina MiSeq

Dengue é uma arbovirose que afeta cerca de 100 milhões de pessoas anualmente, em mais de 100 países situados nas regiões tropicais e subtropicais. Foi considerada a doença viral que mais cresceu no ultimo ano, repercutindo em impactos sociais e econômicos nas regiões endêmicas devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O principal vetor da dengue é o mosquito Aedes aegypti, presente em toda a faixa tropical e subtropical. Por apresentar hematofagia antropofílica, rápido desenvolvimento e características comportamentais especificas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle da disseminação da dengue são restritas à eliminação do mosquito vetor, e um tratamento específico ainda não foi desenvolvido, bem como a criação de uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos do arbovírus. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à composição da microbiota intestinal do inseto. As bactérias presente no intestino do mosquito exercem funções relacionadas a sua nutrição, desenvolvimento e reprodução, e são também um importante fator na eliminação de patógenos, por interferirem diretamente na atividade viral, ou indiretamente a partir da ativação das vias antivirais pelos micro-organismos. Dessa forma, este trabalho visa estudar a diversidade microbiana intestinal do mosquito Aedes aegypti em diferentes estágios de vida, através de sequenciamento de última geração com a plataforma MiSeq Illumina

A phylogenetic analysis of Brycon and Henochilus (Characiformes, Characidae, Bryconinae) based on the mitochondrial gene 16S rRNA

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Sensitivity evaluation of a single-step PCR assay using Ehrlichia canis p28 gene as a target and its application in diagnosis of canine ehrlichiosis

O objetivo deste estudo foi aperfeiçoar um ensaio de PCR que amplificasse um fragmento de 843 pares de bases do gene p28 da Ehrlichia canis e compará-lo com outros dois métodos de PCR utilizados para amplificar partes do gene 16S rRNA e dsb do gênero Ehrlichia. Amostras sanguíneas foram colhidas de cães com diagnóstico clínico de erliquiose. A amplificação do gene p28 pela PCR produziu um fragmento de 843pb e esse ensaio permitiu a detecção do DNA de um parasita dentre 1 bilhão de células. Todas as amostras positivas detectadas pela PCR baseada no gene p28 foram também positivas pela nested PCR para detecção do gene 16S rRNA e também pela PCR dsb. Dentre as amostras negativas para a PCR p28, 55,3% foram co-negativas, mas 27,6% foram positivas pela PCR baseada nos genes 16S rRNA e dsb. A PCR p28 parece ser um teste útil para detecção molecular de E. canis, entretanto otimizações na sensibilidade nesta PCR são necessárias, para que esta técnica se torne uma importante alternativa no diagnóstico da erliquiose canina.

Heterochromatin, Sex Chromosomes and rRNA Gene Clusters in Coprophanaeus Beetles (Coleoptera, Scarabaeidae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Chromosome Mapping of H1 Histone and 5S rRNA Gene Clusters in Three Species of Astyanax (Teleostei, Characiformes)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

The B chromosomes of the African cichlid fish Haplochromis obliquidens harbour 18S rRNA gene copies

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evolutionary dynamics of rRNA gene clusters in cichlid fish

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Phylogenetic analysis of flatfish (order pleuronectiformes) based on mitochondrial 16s rDNA sequences

The phylogenetic relationships of the order Pleuronectiformes are controversial and at some crucial points remain unresolved. To date most phylogenetic studies on this order have been based on morpho-anatomical criteria, whereas only a few sequence comparisons based studies have been reported. In the present study, the phylogenetic relationships of 30 flatfish species pertaining to seven different families were examined by sequence analysis of the first half of the 16S mitochondrial DNA gene. The results obtained did not support percoids as the sister group of pleuronectiforms. The monophyletic origin of most families analyzed, Soleidae, Scophthalmidae, Achiridae, Pleuronectidae and Bothidae, was strongly supported, except for Paralichthyidae which was clearly subdivided into two groups, one of them associated with high confidence to Pleuronectidae. The analysis of the 16S rRNA gene also suggested the monophyly of Pleuronectiforms as the most probable hypothesis and consistently supported some major interfamily groupings.

Clonagem do gene p28 e análise da expressão da proteína recombinante a partir da amostra Jaboticabal de Ehrlichia canis e sua aplicação no diagnóstico da erliqueose canina

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular analysis of the bacterial diversity in a specialized consortium for diesel oil degradation

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI.

Molecular detection of hemoplasma infection among cats from São Luís island, Maranhão, Brazil

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

In vitro culture, PCR , and nested PCR for the detection of Theileria equi in horses submitted to exercise

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular detection of tick-borne bacterial agents in Brazilian and exotic captive carnivores

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)