rDNA-RFLP identification of Candida species in immunocompromised and seriously diseased patients

PCR was used to amplify a targeted region of the ribosomal DNA of 76 Candida spp. isolates from immunocompromised and seriously diseased patients. Thirty-seven strains isolated from different anatomical sites of 11 patients infected with HIV (Vitória, ES, Brazil), 26 isolates from patients under treatment at Odilon Behrens Hospital and 13 isolates from skin and urine samples from São Marcos Clinical Analysis Laboratory (Belo Horizonte, Brazil) were scored. Fragments of rDNA were amplified using primer pairs ITS1-ITS4, for the amplification of ITS1 and ITS2 regions, including the gene for the 5.8s subunit. Amplification resulted in fragments ranging in size from 350 to 950 bp. Amplicons were digested with eight restriction enzymes. A pattern of species-specificity among the different medically important Candida species could be identified following restriction digestion of the PCR products. Candida albicans was the species most frequently observed, except for the group of newborns under treatment at the Odilon Behrens Hospital and for the isolates from the clinical analysis laboratory. C. parapsilosis was the species most frequently observed in these two groups.

Assessing genetic variability in bat species of Emballonuridae, Phyllostomidae, Vespertilionidae and Molossidae families (Chiroptera) by RFLP-PCR

A PCR-RFLP analysis of the restriction pattern in nuclear (RAG2) and mitochondrial (12S/16S) gene sequences of bat species from the Molossidae, Phyllostomidae, Vespertilionidae, and Emballonuridae families produced a large number of fragments: 107 for RAG2 and 155 for 12S/16S combined in 139 and 402 haplotypes, respectively. The values detected for gene variation were low for both sequences (0.13 for RAG2 and 0.15 for 12S/16S) and reflected their conservative feature, reinforced by high values of inter- and intraspecies genetic identity (70-100%). The species with a high gene divergence were variable in the analyses of RAG2 (Eumops perotis, Artibeus lituratus, and Carollia perspicillata) and of 12S/16S (Nyctinomops laticaudatus, C. perspicillata, and Cynomops abrasus), and furthermore, one of them, C. perspicillata, also showed the highest intraspecific variation. The species that exhibited the lowest variation for both genes was Molossus rufus. In the families, the highest variation was observed in the Molossidae and this can be attributed to variation exhibited by Eumops and Nyctinomops species. The variations observed were interpreted as a natural variability within the species and genus that exhibited a conserved pattern in the two gene sequences in different species and family analyzed. Our data reinforce the idea that the analyses of mitochondrial and nuclear genes contribute to our knowledge of the diversity of New World bats. The genetic variability found in different taxa suggests that an additional diversity, unnoticed by other methods, can be revealed with the use of different molecular strategies. ©FUNPEC-RP.

A PCR/RFLP methodology to identify non-Amazonian Brazilian deer species

Due to the necessity of using noninvasive samples to study animals as elusive as the deer that occur in Brazil, we realized it was important to develop a PCR/RFLP protocol to assist in identifying such samples. Thus we developed a protocol in which a fragment of the cytochrome b gene is digested with two enzymes: SspI, which distinguishes species of the genus Mazama from Blastocerus dichotomus and Ozotoceros bezoarticus, and TAQα1 which permits differentiation between the species B. dichotomus and O. bezoarticus. © 2013 Springer Science+Business Media Dordrecht.

Um novo protocolo de PCR/RFLP para a determinação dos genótipos da CSP de Plasmodium vivax (VK210, VK247 e P. vivax-like)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Detecção e diferenciação do vírus da bronquite infecciosa pela técnica de imunocaptura-RT-PCR E RFLP

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Isolamento, caracterização bioquímica e molecular por PCR-RFLP e análise dos polissacarídeos produzidos na formação de biofilme de Flavobacterium columnare em peixes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Divergência genética e relacionamento filogenético em espécies de morcegos das famílias Molossidae, Phyllostamidae, Vespertilionidae e Emballonuridae baseado em análise de PCR-RFLP

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Genotipagem do Mycobacterium tuberculosis utilizando RFLP e Spoligotyping em associação com Miru para avaliar a epidemiologia molecular da tuberculose no município de Araraquara-SP

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Diversidade gênica no gênero Astyanax (Teleostei : Characidae) através da análise de PCR-RFLP de DNA mitocondrial

O gênero Astyanax é um dos mais abundantes e diversificados da família Characidae (subfamília Tetragonopterinae), com mais de 100 espécies nominais, estando amplamente distribuído na bacia do Alto rio Paraná. Esse gênero é caracterizado pela similaridade quanto à forma do corpo, além da alta variabilidade citogenética intra e interpopulações, sendo comum a ocorrência de espécies crípticas ou complexos de espécies. Devido à escassez de dados sobre genética molecular referentes a esse gênero, e a dificuldade na identificação taxonômica, fazse necessário um estudo utilizando marcadores moleculares que visem desenvolver métodos rápidos e eficientes para caracterização de espécies de Astyanax com base em análises de DNA. Em vista dessa necessidade, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência da técnica de PCR-RFLP do gene mitocondrial Citocromo b na identificação e caracterização da variabilidade genética de cinco espécies do gênero Astyanax que ocorrem na bacia do Alto rio Paraná. O mtDNA das espécies alvo foi totalmente amplificado, num total de cerca de 1140 pares de bases (pb). As análises foram obtidas através dos haplótipos gerados com a digestão por três enzimas de restrição que clivam estes genes, sendo estas ALUI, BAMHI, e HPAII. Foram analisadas 2 populações de Astyanax paranae, A. altiparanae, A. fasciatus, A. bockmanni, e uma população de A. biotae, com amostragens variando entre 5 e 10 indivíduos de cada população. Como grupo externo foram analisadas duas populações de Astyanax ribeirae da bacia hidrográfica do rio Ribeira de Iguape. Ao final do trabalho foi possível a identificação de 4 das 6 espécies analisadas, sendo que as espécies mais divergentes são A. altiparanae e A. ribeirae, as espécies A. paranae + A. bockmanni e A. fasciatus + A. ribeirae são as mais fortemente relacionadas...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Caracterização das espécies de leishmania em sangue periférico de cães por PCR-RFLP NA área endêmica de Bauru/SP

Pós-graduação em Ciência Animal - FMVA

Identificação e caracterização de genes vip e cry coleóptero-específicos em isolados de Bacillus thuringiensis

O objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar os genes cry3, vip1, vip2 e vip1/vip2 em uma coleção de 1.078 isolados de Bacillus thuringiensis potencialmente tóxicos para larvas de coleópteros. Foram utilizados pares de oligonucleotídeos iniciadores gerais obtidos a partir de regiões conservadas dos genes e do alinhamento de sequências consenso. Posteriormente, os isolados positivos foram caracterizados por meio da técnica de PCR‑RFLP, tendo-se utilizado enzimas de restrição específicas, para identificar novas subclasses de genes nos isolados. Cento e cinquenta e um isolados foram positivos para os genes avaliados, com maior frequência para o gene vip1/vip2 (139 isolados). Pela técnica de PCR‑RFLP, foram observados 14 perfis polimórficos, o que indica a presença de diferentes alelos e, consequentemente, de distintas subclasses desses genes.

Characterization and polymorphism screening of IGF-I and prolactin genes in Nelore heifers

Insulin growth factor I (IGF-I) and prolactin (PRL) are peptide hormones that exert complementary effects on reproductive traits by acting on folliculogenesis. In view of the lack of information about the IGF-I and PRL genes in Bos indicus, the objective of this study was to partially characterize the promoter regions of these genes and to screen animals of different ages at first pregnancy for the presence of polymorphisms in these regions. In addition, we determined whether polymorphisms influence the regulation of the two hormone genes, evaluating their association with sexual precocity.The animals were divided into three groups according to age at first pregnancy: 1) 100 heifers considered to be sexually precocious that became pregnant at 15-16 months of age, 2) 100 heifers that became pregnant during the normal breeding season at 24 months of age, and 3) 100 heifers that did not become pregnant until 24 months of age. For the IGF-I gene, PCR-RFLP-SnaBI analysis showed the presence of genotypes AB and BB at frequencies of 0.02 and 0.98, respectively. Sequencing of the IGF-I gene fragment revealed a single nitrogen base change from cytosine to thymine, corresponding to the restriction site of SnaBI. The polymorphisms identified in the 5'-flanking region of the IGF-I gene may serve as a basis for future studies of molecular markers in cattle. For the PRL gene, PCR-RFLP-HaeIII analysis showed the presence of only one migration pattern, a finding characterizing the region studied as monomorphic. The study of other regions in the IGF-I and PRL genes might provide molecular data that can be used in the future for the selection of sexually precocious animals.

Distinctively variable sequence-based nuclear DNA markers for multilocus phylogeography of the soybean- and rice-infecting fungal pathogen Rhizoctonia solani AG-1 IA

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Associations of FASN gene polymorphisms with economical traits in Nellore cattle (Bos primigenius indicus)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)