164 resultados para PCR. Sequencing


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O objetivo deste trabalho foi validar, pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR) genes para serem utilizados como referência em estudos de expressão gênica em soja, em ensaios de estresse hídrico. Foram avaliados quatro genes comumente utilizados em soja: Gmβ-actin, GmGAPDH, GmLectin e GmRNAr18S. O RNA total foi extraído de seis amostras: três amostras de raízes em sistema de hidroponia com diferentes intensidades de déficit hídrico (0, 25, 50, 75 e 100 minutos de estresse hídrico), e três amostras de folhas de plantas cultivadas em areia com diferentes umidades do solo (15, 5 e 2,5% de umidade gravimétrica). Os dados brutos do intervalo cycle threshold (Ct) foram analisados, e a eficiência de cada iniciador foi calculada para uma analise da Ct entre as diferentes amostras. A aplicação do programa GeNorm foi utilizada para a avaliação dos melhores genes de referência, de acordo com a estabilidade. O GmGAPDH foi o gene menos estável, com o maior valor médio de estabilidade de expressão (M), e os genes mais estáveis, com menor valor de M, foram o Gmβ-actin e GmRNAr18S, tanto nas amostras de raízes como nas de folhas. Estes genes podem ser usados em RT-qPCR como gens de referência para análises de expressão gênica.

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CONTEXTO:O câncer gástrico é uma das principais neoplasias que causam o óbito no Brasil e no mundo. Helicobacter pylori é um carcinógeno do tipo I relacionado à gastrite crônica. Diferenças no grau de virulência de suas cepas levam a maior risco de desenvolvimento de doenças gástricas. A metilação de ilhas CpGs está envolvida com o processo de tumorigênese em diferentes tipos de câncer. CDH1 é um gene supressor tumoral que, quando inativado, pode aumentar as chances de metástase. A metilação deste gene em estágios precoces da carcinogênese gástrica ainda não é totalmente compreendida. OBJETIVO: Investigar o padrão de metilação do gene CDH1 em amostras de gastrites crônicas e correlacionar com a presença do H. pylori. MÉTODOS: Foram usadas 60 biopsias de mucosas gástricas. A detecção de H. pylori foi realizada por PCR para o gene da urease C e a genotipagem com PCR para os genes cagA e vacA (região s e m). O padrão de metilação do gene CDH1 foi analisado usando a técnica de PCR e específica para a metilação e sequenciamento direto dos produtos de PCR. RESULTADOS: A bactéria H. pylori foi detectada em 90% das amostras de gastrites crônicas; destas, 33% portavam o gene cagA e 100% vacA s1. O genótipo vacA s2/m1 não foi detectado nas amostras analisadas. Metilação de CDH1 foi detectada em 63,3% das amostras de gastrites e 95% delas eram portadoras de H. pylori. CONCLUSÃO: Os resultados deste estudo sugerem que a metilação em CDH1 e a infecção pelo H. pylori são eventos frequentes em amostras de pacientes brasileiros com gastrite crônica e reforça a correlação entre infecção por H. pylori e inativação do gene CDH1 em estágios precoces da tumorigênese gástrica.

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A diversidade genética de vírus pertencentes ao gênero Begomovirus em tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill) foi analisada em regiões produtoras do Centro-Oeste paulista. No período de janeiro de 2003 a fevereiro de 2004, cento e sessenta e seis amostras de tomate foram coletadas e a presença de begomovírus observada em 60% das amostras, por PCR, utilizando-se oligonucleotídeos universais para o gênero Begomovirus. O sequenciamento direto do produto de PCR de 16 dessas amostras indicou a possível presença do Tomato severe rugose virus (ToSRV), Sida mottle virus (SiMoV-[BR]) e da espécie tentativa Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV-[BR]). em duas amostras foi detectada uma possível nova espécie de begomovírus. A presença do ToSRV e do SiMoV ainda não havia sido verificada em tomateiro no estado de São Paulo. Estes resultados indicam a existência de diversidade de espécies de begomovírus infectando o tomateiro nesta região, servindo como um alerta para melhoristas que trabalham na busca de fontes de resistência a esse importante grupo de patógenos.

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OBJETIVO: identificar espécies de lactobacilos isolados do conteúdo vaginal de mulheres saudáveis e assintomáticas; determinar as espécies mais prevalentes e caracterizá-las fenotipicamente. MÉTODOS: lactobacilos foram isolados em meio seletivo a partir de amostras de conteúdo vaginal de 135 mulheres, sem queixa de corrimento e com diagnóstico laboratorial negativo para infecções vaginais, acompanhadas em um ambulatório de Planejamento Familiar. Os isolados foram identificados por PCR multiplex e, quando necessário, submetidos ao sequenciamento do gene RNAr 16S. Foram também avaliados quanto à acidificação do meio de cultura, à produção de ácido láctico, de H2O2, bacteriocinas e a capacidade de adesão às células epiteliais. RESULTADOS: oitenta e três cepas de lactobacilos foram isoladas e identificadas, sendo as espécies predominantes L. crispatus (30,1%), L. jensenii (26,5%), L. gasseri (22,9%) e L. vaginalis (8,4%). Apenas 20 destes isolados não produziram H2O2 em quantidades detectáveis. Das 37 linhagens selecionadas para teste de adesão a células epiteliais, 12 apresentaram adesão entre 50 a 69%, 10 apresentaram 70% ou mais, e as restantes pouca ou nenhuma adesão. Nenhum dos isolados produziu bacteriocinas. CONCLUSÕES: as espécies de lactobacilos mais prevalentes em mulheres sem vulvovaginites, isoladas em meio de cultura seletivo e identificadas por métodos moleculares, foram L. crispatus, L. jensenii e L. gasseri. Além de mais frequentes, tais linhagens também apresentaram melhor produção de H2O2 e atingiram menores valores de pH em meio de cultura.

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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The biochemical and functional characterization of wasp venom toxins is an important prerequisite for the development of new tools both for the therapy of the toxic reactions due to envenomation caused by multiple stinging accidents and also for the diagnosis and therapy of allergic reactions caused by this type of venom. PLA(1) was purified from the venom of the neotropical social wasp Polybia paulista by using molecular exclusion and cation exchange chromatographies; its amino acid sequence was determined by using automated Edman degradation and compared to the sequences of other vespid venom PLA(1)'s. The enzyme exists as a 33,961.40 da protein, which was identified as a lipase of the GX class, liprotein lipase superfamily, pancreatic lipases (ab20.3) homologous family and RP2 sub-group of phospholipase. P. paulista PLA(1) is 53-82% identical to the phospholipases from wasp species from Northern Hemisphere. The use restrained-based modeling permitted to describe the 3-D structure of the enzyme, revealing that its molecule presents 23% alpha-helix, 28% beta-sheet and 49% coil. The protein structure has the alpha/beta fold common to many lipases; the core consists of a tightly packed beta-sheet constituted of six-stranded parallel and one anti-parallel beta-strand, surrounded by four alpha-helices. P. paulista PLA(1) exhibits direct hemolytic action against washed red blood cells with activity similar to the Cobra cardiotoxin from Naja naja atra. In addition to this, PLA(1) was immunoreactive to specific IgE from the sera of P. paulista-sensitive patients. (c) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.

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Xylella fastidiosa isolate 8.1,b obtained from a sweet orange tree affected by citrus variegated chlorosis in the state of Sb Paulo, Brazil, and shown in 1993 to be the causal agent of the disease, was cloned by repeated culture in liquid and on solid PW medium, yielding triply cloned strain 9a5c. The eighth and the 16th passages of strain 9a5c were mechanically inoculated into sweet orange plants. Presence of X. fastidiosa in sweet orange leaves of shoots having grown after inoculation (first-flush shoots) was detected by DAS-ELISA and PCR. Thirty-eight days after inoculation, 70% of the 20 inoculated plants rested positive, and all plants gave strong positive reactions 90 days after inoculation. Symptoms first appeared after 3 months and were conspicuous after 5 months. X. fastidiosa was reisolated from sweet orange leaves, 44 days after inoculation. These results indicate that X. fastidiosa strain 9a5c, derived from pathogenic isolate 8.1.b by triply cloning, is also pathogenic, Strain 9a5c is now used for the X. fastidiosa genome sequencing project undertaken on a large scale in Brazil.

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Quantitative real time PCR was performed on genomic DNA from 40 primary oral carcinomas and the normal adjacent tissues. The target genes ECGFB, DIA1, BIK, and PDGFB and the microsatellite markers D22S274 and D22S277, mapped on 22q13, were selected according to our previous loss of heterozygosity findings in head and neck tumors. Quantitative PCR relies on the comparison of the amount of product generated from a target gene and that generated from a disomic reference gene (GAPDH-housekeeping gene). Reactions have been performed with normal control in triplicates, using the 7700 Sequence Detection System (PE Applied Biosystems). Losses in the sequences D22S274 (22q13.31) and in the DIA1 (22q13.2-13.31) gene were detected in 10 out of 40 cases (25%) each. Statistically significant correlations were observed for patients with relative copy number loss of the marker D22S274 and stages T3-T4 of disease (P=0.025), family history of cancer (P = 0.001), and death (P = 0.021). Relative copy number loss involving the DIA1 gene was correlated to family history of cancer (P<0.001), death (P=0.002), and consumption of alcohol (P=0.026). Log-rank test revealed a significant decrease in survival (P=0.0018) for patients with DIA1 gene loss. Relative copy number losses detected in these sequences may be related to disease progression and a worse prognosis in patients with oral cancer.

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A pair of primers directed to 16S-23S rDNA interspacer (ITS) was designed directed to Brucella genetic sequences in order to develop a polymerase chain reaction (PCR) putatively capable of amplifying DNA from any Brucella species. Nucleic acid extracts from whole-blood from naive dogs were spiked with decreasing amounts of Brucella canis RM6/66 DNA and the resulting solutions were tested by PCR. In addition, the ability of PCR to amplify Brucella spp. genetic sequences from naturally infected dogs was evaluated using 210 whole-blood samples of dogs from 19 kennels. The whole-blood samples collected were subjected to blood culture and PCR. Serodiagnosis was performed using the rapid slide agglutination test with and without 2-mercaptoethanol. The DNA from whole blood was extracted using proteinase-K, sodium dodecyl sulphate and cetyl trimethyl ammonium bromide followed by phenol-chloroform purification. The PCR was capable of detecting as little as 3.8 fg of Brucella DNA mixed with 450 ng of host DNA. Theoretically, 3.8 fg of Brucella DNA represents the total genomic mass of fewer than two bacterial cells. The PCR diagnostic sensitivity and specificity were 100%. From the results observed in the present study, we conclude that PCR could be used as confirmatory test for diagnosis of B. canis infection.

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The urocortin (UCN)-like immunoreactivity and UCN mRNA distribution in various regions of the nonprimate mammalian brain have been reported. However, the Edinger-Westphal nucleus (EW) appears to be the only brain site where UCN expression is conserved across species. Although UCN peptides are present throughout vertebrate phylogeny, the functional roles of both UCN and EW remain poorly understood. Therefore, a study focused on UCN system organization in the primate brain is warranted. By using immunohistochemistry (single and double labeling) and in situ hybridization, we have characterized the organization of UCN-expressing cells and fibers in the central nervous system and pituitary of the capuchin monkey (Cebus apella). In addition, the sequence of the prepro-UCN was determined to establish the level of structural conservation relative to the human sequence. To understand the relationship of acetylcholine cells in the EW, a colocalization study comparing choline acetyltransferase (ChAT) and UCN was also performed. The cloned monkey prepro-UCN is 95% identical to the human preprohormone across the matched sequences. By using an antiserum raised against rat UCN and a probe generated from human cDNA, we found that the EW is the dominant site for UCN expression, although UCN mRNA is also expressed in spinal cord lamina IX. Labeled axons and terminals were distributed diffusely throughout many brain regions and along the length of the spinal cord. of particular interest were UCN-immunoreactive inputs to the medial preoptic area, the paraventricular nucleus of the hypothalamus, the oral part of the spinal trigeminal nucleus, the flocculus of the cerebellum, and the spinal cord laminae VII and X. We found no UCN hybridization signal in the pituitary. In addition, we observed no colocalization between ChAT and UCN in EW neurons. Our results support the hypothesis that the UCN system might participate in the control of autonomic, endocrine, and sensorimotor functions in primates.