Diversidade genética do sistema HLA em Portugal, Cabo Verde e Guiné-Bissau

O polimorfismo dos genes HLA-A, HLA-B e HLA-DRB1 foi estudado em três populações Portuguesas (Portugal continental, Madeira e Açores) e em duas Africanas (Guiné-Bissau e Cabo Verde). Os dados em alta resolução, obtidos por sequenciação (SBT), foram comparados com a caracterização efectuada pelo método SSOP revelando 4,6% de incongruências entre os resultados destes dois métodos. Os alelos mais frequentes em cada um dos loci foram: HLA-A*0201 em todas as populações (13,5-26%); HLA-B*5101 em Portugal continental (12%, o mesmo para o B*440301), Madeira (9,7%) e Açores (9,8%) e B*350101 na Guiné-Bissau (14,4%) e Cabo Verde (13,2%); HLADRB1*0701 em Portugal continental (15%), Madeira (15,7%) e Açores (18,3%), DRB1*1304 na Guiné-Bissau (19,6%) e DRB1*110101 em Cabo Verde (10,1%). Os haplotipos 3-loci mais predominantes em cada população foram: A*020101-B*440301-DRB1*070101 em Portugal continental (3,1%), A*020101-B*510101- DRB1*130101 na Madeira (2,7%), A*2902-B*4403-DRB1*0701 nos Açores (2,4%), A*2301-B*1503-DRB1*110101 na Guiné-Bissau (4,6%) e A*3002-B*350101-DRB1*1001 em Cabo Verde (2,8%). O presente trabalho revela que a população continental Portuguesa tem sido influenciada geneticamente por Europeus e Norte Africanos devido a várias imigrações históricas. O Norte de Portugal parece concentrar, provavelmente devido à pressão da expansão Árabe, um antigo pool genético originado pela influência milenar de Europeus e Norte Africanos. Os dados obtidos nos genes do sistema HLA corroboram as fontes históricas que confirmam que o povoamento dos Açores teve o contributo de outros Europeus, essencialmente Flamengos, para além dos Portugueses. As frequências alélicas e haplotípicas neste arquipélago não apresentam uma distribuição homogénea entre as ilhas do grupo Oriental e Central. O grupo Central revela uma influência clara daEuropa Central e uma muito menor afinidade a Portugal continental. As frequências alélicas e haplotípicas mostram que a ilha da Madeira foi povoada por Europeus, a maioria Portugueses, mas também por sub-Saharianos devido ao comércio de escravos. Cabo Verde não é uma população tipicamente sub-Sahariana pois revela uma importante influência genética Europeia, para além da base genética Africana. A análise dos haplotipos e dendrogramas mostram uma influência genética Caucasiana no actual pool genético Cabo-Verdiano. Os dendrogramas e a análise das coordenadas principais mostram que os Guineenses são mais semelhantes aos Norte Africanos do que qualquer outra população sub-Sahariana já estudada ao nível do sistema HLA, provavelmente devido a contactos históricos com outros povos, nomeadamente Árabes do Este Africano e Berberes.

Polimorfismo do alelo HLA-B27 no desenvolvimento das espondilartropatias

A associação da molécula HLA-B27 com a espondilite anquilosante (AS) e outras espondilartropatias (SpA), permanece como uma das mais fortes verificada entre moléculas HLA e doenças humanas. Desde que foi descrita, em 1973, tem sido alvo de intensa investigação na tentativa de compreender o mecanismo patogénico que lhe está subjacente. Este artigo tem como objectivo fazer uma revisão dos conhecimentos actuais relativos à estrutura e polimorfismo da molécula HLA-B27, bem como descrever os modelos propostos para explicar o seu papel no desenvolvimento das espondilartropatias.

Evaluation of two methods for computational HLA haplotypes inference using a real dataset

info:eu-repo/semantics/publishedVersion

Discrepancies in HLA Typing by PCR-SSOP and SBT Techniques: a case study

Six hundred twenty-one samples from Portugal, the Cabo Verde archipelago, and Guinea-Bissau were typed for HLA-A, HLA-B, and HLADRB1usingthepolymerasechainreaction–sequence-specificoligonucleotide probe (PCR-SSOP) method and the sequence-based typing (SBT) method to characterizeandcomparediscrepanciesbetweenthetwomethods.Fifty-three alleles (4.27% of 1,242 chromosomes typed) identified by the PCR-SSOP method were not concordant with the results obtained using the SBT method. Thirty-four (2.74% of total chromosomes typed) PCR-SSOP mistyping results were discrepancies inside the same allele group and 19 others (1.53% of total chromosomes typed) were relative to nonconcordant results between different groups. PCR-SSOP allele mistyping is the result of interpretation difficulties resulting from less intense, absent, or dubious hybridization patterns. Noncommercial PCR-SSOP procedures are highly exigent on the technicians’ experience and the availability of properly calibrated high-precision equipment.

Polimorfismo do alelo HLA-B27 no desenvolvimento das espondilartropatias

A associação da molécula HLA-B27 com a espondilite anquilosante (AS) e outras espondilartropatias (SpA), permanece como uma das mais fortes verificada entre moléculas HLA e doenças humanas. Desde que foi descrita, em 1973, tem sido alvo de intensa investigação na tentativa de compreender o mecanismo patogénico que lhe está subjacente. Este artigo tem como objectivo fazer uma revisão dos conhecimentos actuais relativos à estrutura e polimorfismo da molécula HLA-B27, bem como descrever os modelos propostos para explicar o seu papel no desenvolvimento das espondilartropatias.

Evaluation of two methods for computational HLA haplotypes inference using a real dataset

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