Viral metagenomic analysis of feces of wild small carnivores

Background: Recent studies have clearly demonstrated the enormous virus diversity that exists among wild animals. This exemplifies the required expansion of our knowledge of the virus diversity present in wildlife, as well as the potential transmission of these viruses to domestic animals or humans. Methods: In the present study we evaluated the viral diversity of fecal samples (n = 42) collected from 10 different species of wild small carnivores inhabiting the northern part of Spain using random PCR in combination with next-generation sequencing. Samples were collected from American mink (Neovison vison), European mink (Mustela lutreola), European polecat (Mustela putorius), European pine marten (Martes martes), stone marten (Martes foina), Eurasian otter (Lutra lutra) and Eurasian badger (Meles meles) of the family of Mustelidae; common genet (Genetta genetta) of the family of Viverridae; red fox (Vulpes vulpes) of the family of Canidae and European wild cat (Felis silvestris) of the family of Felidae. Results: A number of sequences of possible novel viruses or virus variants were detected, including a theilovirus, phleboviruses, an amdovirus, a kobuvirus and picobirnaviruses. Conclusions: Using random PCR in combination with next generation sequencing, sequences of various novel viruses or virus variants were detected in fecal samples collected from Spanish carnivores. Detected novel viruses highlight the viral diversity that is present in fecal material of wild carnivores.

Inferring Population Genetic Structure in Widely and Continuously Distributed Carnivores: The Stone Marten (Martes foina) as a Case Study

The stone marten is a widely distributed mustelid in the Palaearctic region that exhibits variable habitat preferences in different parts of its range. The species is a Holocene immigrant from southwest Asia which, according to fossil remains, followed the expansion of the Neolithic farming cultures into Europe and possibly colonized the Iberian Peninsula during the Early Neolithic (ca. 7,000 years BP). However, the population genetic structure and historical biogeography of this generalist carnivore remains essentially unknown. In this study we have combined mitochondrial DNA (mtDNA) sequencing (621 bp) and microsatellite genotyping (23 polymorphic markers) to infer the population genetic structure of the stone marten within the Iberian Peninsula. The mtDNA data revealed low haplotype and nucleotide diversities and a lack of phylogeographic structure, most likely due to a recent colonization of the Iberian Peninsula by a few mtDNA lineages during the Early Neolithic. The microsatellite data set was analysed with a) spatial and non-spatial Bayesian individual-based clustering (IBC) approaches (STRUCTURE, TESS, BAPS and GENELAND), and b) multivariate methods [discriminant analysis of principal components (DAPC) and spatial principal component analysis (sPCA)]. Additionally, because isolation by distance (IBD) is a common spatial genetic pattern in mobile and continuously distributed species and it may represent a challenge to the performance of the above methods, the microsatellite data set was tested for its presence. Overall, the genetic structure of the stone marten in the Iberian Peninsula was characterized by a NE-SW spatial pattern of IBD, and this may explain the observed disagreement between clustering solutions obtained by the different IBC methods. However, there was significant indication for contemporary genetic structuring, albeit weak, into at least three different subpopulations. The detected subdivision could be attributed to the influence of the rivers Ebro, Tagus and Guadiana, suggesting that main watercourses in the Iberian Peninsula may act as semi-permeable barriers to gene flow in stone martens. To our knowledge, this is the first phylogeographic and population genetic study of the species at a broad regional scale. We also wanted to make the case for the importance and benefits of using and comparing multiple different clustering and multivariate methods in spatial genetic analyses of mobile and continuously distributed species.

THE AINU LANGUAGES: TRADITIONAL RECONSTRUCTION, EURASIAN AREAL LINGUISTICS, AND DIACHRONIC (HOLISTIC) TYPOLOGY

El objetivo principal de esta tesis doctoral es, en primer lugar, ofrecer una reconstrucción alternativa del protoainu para, en segundo lugar, aplicar conceptos de tipología diacrónicaholística con el fin de discernir algún patrón evolutivo que ayude a responder a la pregunta:¿por qué la lengua ainu es como es en su contexto geolingüístico (lengua AOV con prefijos),cuando en la región euroasiática lo normal es encontrar el perfil 'lengua AOV con sufijos'? En suma, se trata de explorar las posibilidades que ofrece la tipología diacrónica holística,combinada con métodos más tradicionales, en la investigación de las etapas prehistóricas delenguas aisladas, es decir, sin parientes conocidos, como el ainu, el vasco, el zuñi o elburushaski. Este trabajo se divide en tres grandes bloques con un total de ocho capítulos, unapéndice con las nuevas reconstrucciones protoainúes y la bibliografía.El primer bloque se abre con el capítulo 1, donde se hace una breve presentación delas lenguas ainus y su filología. El capítulo 2 está dedicado a la reconstrucción de la fonologíaprotoainu. La reconstrucción pionera pertenece a A. Vovin (1992), que de hecho sirve comobase sobre la que ampliar, corregir o modificar nuevos elementos. En el capítulo 3 se describela morfología histórica de las lenguas ainus. En el capítulo 4 se investiga esta opción dentrode un marco más amplio que tiene como objetivo analizar los patrones elementales deformación de palabras. El capítulo 5, con el que se inicia el segundo bloque, da cabida a lapresentación de una hipótesis tipológica diacrónica, a cargo de P. Donegan y D. Stampe, conla que especialistas en lenguas munda y mon-khmer han sido capaces de alcanzar unreconstrucción del protoaustroasiático según la cual el tipo aglutinante de las lenguas mundasería secundario, frente al original monosilábico de las lenguas mon-khmer. En el capítulo 6se retoma la perspectiva tradicional de la lingüística geográfica, pero no se olvidan algunas delas consideraciones tipológicas apuntadas en el capítulo anterior (el hecho de que la hipótesisde Donegan y Stampe no funcione con el ainu no significa que la tipología diacrónica nopueda ser todavía de utilidad). En el capítulo 7 se presentan algunas incongruencias queresultan tras combinar las supuestas evidencias arqueológicas con el escenario lingüísticodescrito en capítulos anteriores. Las conclusiones generales se presentan en el capítulo 8. Elapéndice es una tabla comparativa con las dos reconstrucciones disponibles a fecha de hoypara la lengua protoainu, es decir, las propuestas por A. Vovin en su estudio seminal de 1992y en el capítulo 3 de la presente tesis. Dicha tabla incluye 686 reconstrucciones (puedehacerse una sencilla referencia cruzada con Vovin, puesto que ambas están ordenadasalfabéticamente).

Eurasian integration as a way to respond to global challenges

510 p.