Análisis transcriptómico global del silenciamiento de FUCA1 en queratinocitos revela nuevos hallazgos sobre la patogenesis de las lesiones cutáneas de la fucosidosis
Contribuinte(s) |
Laissue, Paul Fonseca, Dora |
---|---|
Data(s) |
25/05/2018
27/06/2018
|
Resumo |
La fucosidosis es una enfermedad huérfana de depósito lisosomal clasificada en dos subtipos según la gravedad de los signos y síntomas clínicos. Las anormalidades en la piel de los pacientes con fucosidosis incluyen angioqueratoma corporis difuso, telangiectasia esencial generalizada, hiperhidrosis e hipohidrosis, acrocianosis y bandas transversales en las uñas. Se ha descrito que >50% de los pacientes con fucosidosis presentan angioqueratomas. A nivel molecular, la fucosidosis es causada por mutaciones del gen alfa-L-fucosidasa 1 (FUCA1) el cual codifica para la enzima α-L-fucosidasa responsable de la hidrolisis de la fucosa. Obtener muestras para realizar estudios funcionales ha sido un reto por la dificultad de encontrar individuos afectados. El efecto de la disminución de FUCA1 en la expresión de otros genes es desconocido. El objetivo del presente trabajo de tesis fue analizar, en queratinocitos, el efecto transcriptómico global del silenciamiento del gen FUCA1 en el marco de una mejor comprensión de la patogénesis de las lesiones cutáneas que afectan a los pacientes con fucosidosis. El silenciamiento de FUCA1, utilizando siRNA, se realizó en queratinocitos inmortalizados humanos (HaCaT). Para el análisis de la expresión genética a nivel transcriptómico global se usaron microarreglos de la plataforma de Affymetrix y ensayos de qPCR. Por medio de análisis bioinformáticos se realizó la agrupación funcional de los genes modificados luego del silenciamiento de FUCA1. 387 genes mostraron una expresión diferencial entre células silenciadas y las no silenciadas. 222 de estos genes se encontraron sobreexpresados y 165 regulados negativamente. Los genes diferencialmente expresados pertenecían a dos grupos principales: diferenciación de queratinocitos / desarrollo epidérmico (n=17) y respuesta inmune (n=61). Numerosos genes se encontraron diferencialmente expresados entre las células transfectadas con siRNA-FUCA1 y las células control. Este efecto podría haber sido producido, al menos en parte, por la expresión anormal de factores de transcripción como por ejemplo, FOXN1. Por lo tanto, proponemos que las lesiones cutáneas relacionadas con la fucosidosis (e.g. angioqueratoma) y las de otras enfermedades (e.g. psoriasis) pueden ser causadas por disfunciones en cascadas moleculares comunes superpuestas. Por último, es importante señalar que numerosas publicaciones de nuestro grupo fundamentan y complementan los abordajes teóricos y experimentales citados en el trabajo presentado “Análisis transcriptómico global del silenciamiento de FUCA1 en queratinocitos revela nuevos hallazgos sobre la patogénesis de las lesiones cutáneas de la fucosidosis” (Castro et al., 2013; Ducat et al., 2016; Fonseca et al., 2015; Forero et al., 2016; Laissue, 2015, 2018; Laissue et al., 2016; Laissue, Restrepo, & Ortiz, 2017; Mateus et al., 2017; Mitropoulos et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Beltrán, et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Moreno, et al., 2015; O. Ortega-Recalde, Silgado, Fetiva, Fonseca, & Laissue, 2016; Oscar Ortega-Recalde et al., 2013; Liliana C. Patiño et al., 2017, p. 1, 2017, p. 15; Liliana Catherine Patiño, Beau, et al., 2017; Liliana Catherine Patiño, Silgado, & Laissue, 2017; Prada & Laissue, 2014; Quintero-Ronderos et al., 2017; Valero-Rubio, Jiménez, Fonseca, Payán-Gomez, & Laissue, 2018; Vatin et al., 2014) |
Formato |
application/pdf |
Identificador |
http://repository.urosario.edu.co/handle/10336/18136 575.292 |
Idioma(s) |
spa |
Publicador |
Universidad del Rosario Maestría en Ciencias con Énfasis en Genética Humana Facultad de medicina |
Direitos |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 2.5 Colombia http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/co/ info:eu-repo/semantics/openAccess |
Fonte |
instname:Universidad del Rosario reponame:Repositorio Institucional EdocUR Boukamp, P., Petrussevska, R. T., Breitkreutz, D., Hornung, J., Markham, A., & Fusenig, N. E. (1988). Normal keratinization in a spontaneously immortalized aneuploid human keratinocyte cell line. The Journal of Cell Biology, 106(3), 761-771. Castro, T., Mateus, H. E., Fonseca, D. J., Forero, D., Restrepo, C. M., Talero, C., … Laissue, P. (2013). Sequence analysis of the ADRA2A coding region in children affected by attention deficit hyperactivity disorder Ducat, A., Doridot, L., Calicchio, R., Méhats, C., Vilotte, J.-L., Castille, J., … Vaiman, D. (2016). Endothelial cell dysfunction and cardiac hypertrophy in the STOX1 model of preeclampsia. Scientific Reports, 6, 19196. https://doi.org/10.1038/srep19196 Eijssen, L. M. T., Jaillard, M., Adriaens, M. E., Gaj, S., Groot, D., J, P., … Evelo, C. T. (2013). User-friendly solutions for microarray quality control and pre-processing on ArrayAnalysis.org. Nucleic Acids Research, 41(W1), W71-W76. https://doi.org/10.1093/nar/gkt293 Exome Sequencing Is an Efficient Tool for Variant Late-Infantile Neuronal Ceroid Lipofuscinosis Molecular Diagnosis. (s. f.). Recuperado 30 de abril de 2018, a partir de http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0109576 Fonseca, D. J., Patiño, L. C., Suárez, Y. C., de Jesús Rodríguez, A., Mateus, H. E., Jiménez, K. M., … Laissue, P. (2015). Next generation sequencing in women affected by nonsyndromic premature ovarian failure displays new potential causative genes and mutations. Fertility and Sterility, 104(1), 154-162.e2. https://doi.org/10.1016/j.fertnstert.2015.04.016 Forero, D. A., Wonkam, A., Wang, W., Laissue, P., López-Correa, C., Fernández-López, J. C., … Perry, G. (2016). Current needs for human and medical genomics research infrastructure in low and middle income countries. Journal of Medical Genetics, 53(7), 438-440. https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2015-103631 Homann, S., Hofmann, C., Gorin, A. M., Nguyen, H. C. X., Huynh, D., Hamid, P., … Kelesidis, T. (2017). A novel rapid and reproducible flow cytometric method for optimization of transfection efficiency in cells. PLoS ONE, 12(9). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0182941 Hong, G., Zhang, W., Li, H., Shen, X., & Guo, Z. (2014). Separate enrichment analysis of pathways for up- and downregulated genes. Journal of The Royal Society Interface, 11(92), 20130950. https://doi.org/10.1098/rsif.2013.0950 Jha, K. K., Banga, S., Palejwala, V., & Ozer, H. L. (1998). SV40-Mediated immortalization. Experimental Cell Research, 245(1), 1-7. https://doi.org/10.1006/excr.1998.4272 Laissue, P. (2015). Aetiological coding sequence variants in non-syndromic premature ovarian failure: From genetic linkage analysis to next generation sequencing. Molecular and Cellular Endocrinology, 411, 243-257. https://doi.org/10.1016/j.mce.2015.05.005 Laissue, P. (2018). The molecular complexity of primary ovarian insufficiency aetiology and the use of massively parallel sequencing. Molecular and Cellular Endocrinology, 460, 170-180. https://doi.org/10.1016/j.mce.2017.07.021 Laissue, P., Lakhal, B., Vatin, M., Batista, F., Burgio, G., Mercier, E., … Vaiman, D. (2016). Association of FOXD1 variants with adverse pregnancy outcomes in mice and humans. Open Biology, 6(10). https://doi.org/10.1098/rsob.160109 Laissue, P., Restrepo, C. M., & Ortiz, A. M. (2017). Improving the evaluation of milestones for students completing a clinical genetics elective. Genetics in Medicine, 19(12). https://doi.org/10.1038/gim.2017.62 Mateus, H. E., Pérez, A. M., Mesa, M. L., Escobar, G., Gálvez, J. M., Montaño, J. I., … Laissue, P. (2017). A first description of the Colombian national registry for rare diseases. BMC Research Notes, 10(1), 514. https://doi.org/10.1186/s13104-017-2840-1 Mitropoulos, K., Al Jaibeji, H., Forero, D. A., Laissue, P., Wonkam, A., Lopez-Correa, C., … Patrinos, G. P. (2015). Success stories in genomic medicine from resource-limited countries. Human Genomics, 9, 11. https://doi.org/10.1186/s40246-015-0033-3 Ortega-Recalde, O., Beltrán, O. I., Gálvez, J. M., Palma-Montero, A., Restrepo, C. M., Mateus, H. E., & Laissue, P. (2015). Biallelic HERC1 mutations in a syndromic form of overgrowth and intellectual disability. Clinical Genetics, 88(4), e1-3. https://doi.org/10.1111/cge.12634 Ortega-Recalde, O., Fonseca, D. J., Patiño, L. C., Atuesta, J. J., Rivera-Nieto, C., Restrepo, C. M., … Laissue, P. (2013). A novel familial case of diffuse leukodystrophy related to NDUFV1 compound heterozygous mutations. Mitochondrion, 13(6), 749-754. https://doi.org/10.1016/j.mito.2013.03.010 Ortega-Recalde, O., Moreno, M. B., Vergara, J. I., Fonseca, D. J., Rojas, R. F., Mosquera, H., … Laissue, P. (2015). A novel TGM1 mutation, leading to multiple splicing rearrangements, is associated with autosomal recessive congenital ichthyosis. Clinical and Experimental Dermatology, 40(7), 757-760. https://doi.org/10.1111/ced.12627 Ortega-Recalde, O., Silgado, D., Fetiva, C., Fonseca, D. J., & Laissue, P. (2016). Transcriptomic analysis of skin in a case of ichthyosis Curth-Macklin caused by a KRT1 mutation. The British Journal of Dermatology, 175(6), 1372-1375. https://doi.org/10.1111/bjd.14969 Patiño, L. C., Beau, I., Carlosama, C., Buitrago, J. C., González, R., Suárez, C. F., … Laissue, P. (2017). New mutations in non-syndromic primary ovarian insufficiency patients identified via whole-exome sequencing. Human Reproduction (Oxford, England), 32(7), 1512-1520. https://doi.org/10.1093/humrep/dex089 Patiño, L. C., Silgado, D., & Laissue, P. (2017). A potential functional association between mutant BMPR2 and primary ovarian insufficiency. Systems Biology in Reproductive Medicine, 63(3), 145-149. https://doi.org/10.1080/19396368.2017.1291767 Patiño, L. C., Walton, K. L., Mueller, T. D., Johnson, K. E., Stocker, W., Richani, D., … Harrison, C. A. (2017). BMP15 Mutations Associated With Primary Ovarian Insufficiency Reduce Expression, Activity, or Synergy With GDF9. The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism, 102(3), 1009-1019. https://doi.org/10.1210/jc.2016-3503 Prada, C. F., & Laissue, P. (2014). A high resolution map of mammalian X chromosome fragile regions assessed by large-scale comparative genomics. Mammalian Genome: Official Journal of the International Mammalian Genome Society, 25(11-12), 618-635. https://doi.org/10.1007/s00335-014-9537-8 Quintero-Ronderos, P., Mercier, E., Fukuda, M., González, R., Suárez, C. F., Patarroyo, M. A., … Laissue, P. (2017). Novel genes and mutations in patients affected by recurrent pregnancy loss. PloS One, 12(10), e0186149. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0186149 Schroeder, A., Mueller, O., Stocker, S., Salowsky, R., Leiber, M., Gassmann, M., … Ragg, T. (2006). The RIN: an RNA integrity number for assigning integrity values to RNA measurements. BMC Molecular Biology, 7, 3. https://doi.org/10.1186/1471-2199-7-3 Steinberg, M. L., & Defendi, V. (1983). Transformation and immortalization of human keratinocytes by SV40. The Journal of Investigative Dermatology, 81(1 Suppl), 131s-6s. Valero-Rubio, D., Jiménez, K. M., Fonseca, D. J., Payán-Gomez, C., & Laissue, P. (2018). Transcriptomic analysis of FUCA1 knockdown in keratinocytes reveals new insights in the pathogenesis of fucosidosis skin lesions. Experimental Dermatology. https://doi.org/10.1111/exd.13532 Vatin, M., Bouvier, S., Bellazi, L., Montagutelli, X., Laissue, P., Ziyyat, A., … Gris, J.-C. (2014). Polymorphisms of human placental alkaline phosphatase are associated with in vitro fertilization success and recurrent pregnancy loss. The American Journal of Pathology, 184(2), 362-368. https://doi.org/10.1016/j.ajpath.2013.10.024 Whole-Exome Sequencing Enables Rapid Determination of Xeroderma Pigmentosum Molecular Etiology. (s. f.). Recuperado 30 de abril de 2018, a partir de http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0064692 Wilson, V. G. (2014). Growth and differentiation of HaCaT keratinocytes. Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), 1195, 33-41. https://doi.org/10.1007/7651_2013_42 |
Palavras-Chave | #Transcriptoma #FOXN1 #Alfa-L-fucosidasa lisosomal #Angioqueratoma #Genética humana #Genética médica #Enfermedades genéticas #Fucosidosis #Mutación (Biología) |
Tipo |
info:eu-repo/semantics/masterThesis info:eu-repo/semantics/acceptedVersion |