Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínas


Autoria(s): Gabriel, Paulo Henrique Ribeiro; Melo, Vinícius Veloso de; Delbem, Alexandre Cláudio Botazzo
Contribuinte(s)

UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO

Data(s)

04/11/2013

04/11/2013

2012

Resumo

Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto.

Identificador

Revista de Controle e Automação, Porto Alegre, RS, v. 23, n. 1, p. 25-37, 2012

0103-1759

http://www.producao.usp.br/handle/BDPI/39091

10.1590/S0103-17592012000100003

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-17592012000100003&lng=en&nrm=iso&tlng=en

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_abstract&pid=S0103-17592012000100003&lng=en&nrm=iso&tlng=en

http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_pdf&pid=S0103-17592012000100003&lng=en&nrm=iso&tlng=en

Idioma(s)

por

Publicador

Sociedade Brasileira de Automática

Relação

Revista de Controle e Automação

Direitos

openAccess

Palavras-Chave #Predição de estrutura de proteínas #Algoritmos evolutivos #Otimização multiobjetivo #Modelo HP #Protein structure prediction #Evolutionary algorithms #Multi-objective optimization #HP Model #SISTEMAS EMBUTIDOS #COMPUTAÇÃO EVOLUTIVA #ROBÓTICA
Tipo

article

original article