A influência do esqueleto açúcar-fostato no transporte da molécula de DNA


Autoria(s): Sarmento, Ricardo Gondim
Contribuinte(s)

Albuquerque, Eudenilson Lins de

CPF:05011124487

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CPF:05011124487

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Medeiros, Fábio Ferreira de

CPF:02772126420

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Costa, Umberto Souza da

CPF:72031220500

http://lattes.cnpq.br/9526809466920084

Data(s)

17/12/2014

09/12/2008

17/12/2014

30/09/2008

Resumo

This dissertation analyses the influence of sugar-phosphate structure in the electronic transport in the double stretch DNA molecule, with the sequence of the base pairs modeled by two types of quasi-periodic sequences: Rudin-Shapiro and Fibonacci. For the sequences, the density of state was calculated and it was compared with the density of state of a piece of human DNA Ch22. After, the electronic transmittance was investigated. In both situations, the Hamiltonians are different. On the analysis of density of state, it was employed the Dyson equation. On the transmittance, the time independent Schrödinger equation was used. In both cases, the tight-binding model was applied. The density of states obtained through Rudin-Shapiro sequence reveal to be similar to the density of state for the Ch22. And for transmittance only until the fifth generation of the Fibonacci sequence was acquired. We have considered long range correlations in both transport mechanism

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Esta dissertação analisa a influência do esqueleto açúcar-fosfato no transporte eletrônico na molécula de DNA de fita dupla, com o sequenciamento dos pares de base modelado por dois tipos de seqüências quasi-periódicas: Rudin-Shapiro e Fibonacci. Para ambas as seqüências, foram calculadas as densidades de estado e comparadas com a densidade de estado de um trecho do DNA humano Ch 22. Em seguida, foi investigada a transmitância eletrônica. Nos dois casos, as Hamiltonianas são distintas. Na análise da densidade de estado foi empregada a equação de Dyson. Na transmitância foi feito uso da equação de Schrödinger independente do tempo. Em ambos os casos, foi utilizado o modelo tight-binding. Os resultados para a densidade de estado foram mais satisfatórios para a seqüência de Rudin-Shapiro, que forneceu um perfil muito próximo do perfil da densidade de estado para o Ch22. A transmitância foi calculada somente para a seqüência de Fibonacci atá a quinta geração. Nestes dois mecanismos de transporte, as correlações são de longo alcance

Formato

application/pdf

Identificador

SARMENTO, Ricardo Gondim. A influência do esqueleto açúcar-fostato no transporte da molécula de DNA. 2008. 86 f. Dissertação (Mestrado em Física da Matéria Condensada; Astrofísica e Cosmologia; Física da Ionosfera) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2008.

http://repositorio.ufrn.br:8080/jspui/handle/123456789/16543

Idioma(s)

por

Publicador

Universidade Federal do Rio Grande do Norte

BR

UFRN

Programa de Pós-Graduação em Física

Física da Matéria Condensada; Astrofísica e Cosmologia; Física da Ionosfera

Direitos

Acesso Aberto

Palavras-Chave #DNA #Esqueleto açúcar-fosfato #Transporte eletrônico #Fitas duplas #Seqüência quasi-periódica #Cromossomo 22 #Genoma humano #DNA #Sugar-phosphate structure #Electronic transport #Double stretch #Quasi-periodic sequences #Ch22 #Human genome #CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::FISICA
Tipo

Dissertação