Pesquisa computacional de inibidores de fatores de virulência de bacillus anthracifs

Projeto de Pós-Graduação/Dissertação apresentado à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Mestre em Ciências Farmacêuticas

O Bacillus anthracis é uma bactéria altamente virulenta, mais conhecida pelo ataque bioterrorista nos EUA em 2001 quando foi propagado através de correio infetando 22 pessoas e matando 5 delas. Na realidade, o uso do B.anthracis como arma biológica é algo com uma longa história apesar de representar ainda uma ameaça nos dias atuais. Isto significa que ao longo do tempo e de forma paralela aos enormes avanços científicos e tecnológicos, se adquiriu mais informação acerca dos mecanismos de infeção deste bacilo que permitem hoje a pesquisa de melhores e mais eficazes formas de combate a esta ameaça. Neste sentido, foram utilizadas neste estudo ferramentas computacionais como o YASARA e o AutoDock, para procurar melhores inibidores para o antigénio de proteção (PA) do B.anthracis, obtidos por modelação molecular dos ligandos criados por Wein et al. (2012). Estas novas moléculas foram submetidas a um processo de docking e aquelas que demonstraram melhores resultados foram sujeitas a uma simulação de dinâmica molecular. Como resultado desta pesquisa, foram encontradas algumas moléculas com potencial de se ligarem eficazmente ao PA. Adicionalmente, foi possível comparar os resultados para uma mesma molécula com conformação inicial diferente (orientação simétrica), demonstrando a influência dessas diferenças nos resultados do processo. Bacillus anthracis is a highly virulent bacterium, best known by the bioterrorist attack in the USA in 2001 when it was spread by mail infecting 22 people and killing 5 of them. In fact, using B.anthracis as a biological weapon is something with a long history although it still represents a threat in the present days. That means that over the time and in parallel to the huge scientific and technological advances, more information about the infection mechanisms of the bacillus has been gathered, allowing the research for better and more effective ways to fight this threat. Thus, computational tools such as YASARA and AutoDock were used in this study, to search for improved inhibitors for the protective antigen (PA) of B.anthracis, obtained by molecular modulation of the ligands created by Wein et al. (2012). These new molecules underwent a process of docking and those with better results went through a molecular dynamics simulation. As a result for this research, a few molecules were found to have potential to effectively bind to PA. Additionally, it was possible to compare the results regarding to one single molecule with two different initial conformation (symmetrical orientation), showing the influence of the initial conformation on the process results.